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学科建设是高等学校和院系生存的生命线，如何寻找和创新有效的管理模式，更好地实现项目建设目标日益成为管理部门和高校学科建设管理者关注的问题。本文在剖析高校学科建设项目目标管理现存问题的基础上，从结构、组织、机制、方法和测评等方面提出高校发展战略导引下的学科建设项目目标集成管理要素及模式，并强调基于项目的学科建设集成管理的目的就是要把高校的所有学科建设管理活动符合于学校发展的战略目标及战略管理活动，要在高校发展战略指引下实施学科项目目标的集成管理。