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1938年12月20日，115师代师长陈光、政委罗荣桓遵照党中央关于“巩固华北、发展华中”的方针，奉命率师直属队和343旅686团等部近5000人，代号“东进支队”，离开晋西，奔赴山东开辟敌后抗日根据地。此间，杨勇将军任686团团长兼政委。
一、打樊坝旗开得胜
1939年3月1日，“东进支队”抵达鲁西平原。刚到郓城县城以北的状元张楼，郓城开明人士便推选孙厚甫、傅仲华等20多人为代表，跋涉数十里，冒雨去迎接。他们还纷纷向“东进支队”控诉伪鲁西自治军师长兼郓城县长刘本功依仗日本鬼子，到处烧杀淫掠、横征暴敛的种种罪行；并说离此不远的樊坝，是刘本功据点中最大的一个，由刘本功之弟刘玉胜率领1个团驻守。他们希望八路军拔掉这个钉子。3月2日，中共郓城中心县委书记梁仞仟也赶往状元张楼，向陈、罗汇报工作，接受指示，并介绍了当地敌情。罗荣桓和陈光为顺应民意，同时也为了迅速打开运河以西地区的抗战局面，鼓舞群众抗日斗志，决定打下樊坝伪据点，消灭伪保安团，作为对山东父老乡亲的见面礼，并把这一任务交给了686团。
当时，由于部队从晋西到鲁西长时间行军，风餐露宿，非常疲劳；加上刚进入新区，敌情、地形不熟，又缺少平原作战经验，有些指战员对打好这一仗信心不足。杨勇发现后，认为当务之急是做好思想动员工作。于是，他亲自主持召开动员会，详细介绍樊坝伪军情况，具体说明打好这一仗的必要性和重要性，全面分析部队的有利因素和不利因素，着重指出克服困难取得胜利的办法。最后，他强调：我们686团在山西打出了威风，在山东也同样要打出威风来，要使山东的日伪军一听到686团的名字就头痛，就心惊胆战！师首长在期待着我们，人民在看着我们，考验我们的时候到了！一番话，把全团士气鼓得足足的。
3月3日（农历元宵节的前两天）下午，杨勇率部经过两个多小时的行军，到达樊坝附近。他亲自带领营连干部察看了地形，研究了作战方案，随后分配了战斗任务：整个参战部队分为两个梯队，第3营负责主攻，从北、东、南三面夹击；第2营辅助，并准备打敌之增援；第1营作为预备队。黄昏时分，部队占领了樊坝以西的制高点，并活捉了一个伪军哨兵。随后，有“夜老虎”之称的第3营第10连让那哨兵带路，沿敌人交通沟首先摸进樊坝。
这时，由于“东进支队”行军神速，樊坝伪军还不知道八路军已到郓城，更不知道他们兵临城下。直到他们被团团包围，还都蒙在鼓里。所以，仗打得非常利落：经一夜激战，全歼伪军1个团570余人，活捉刘玉胜，并击退郓城日军100余人的增援。此外，还缴获小炮1门、轻机枪13挺、步枪400余支，解救出被抢去的妇女30余人、被监禁的村干部20多人。捷报传出，当地群众欢欣鼓舞，奔走相告，八路军的声威在鲁西平原很快传播开来。
为争取和瓦解伪军，杨勇遵照罗荣桓的指示，亲自找刘玉胜谈话，晓以抗日救国大义，希望他改邪归正，重新做人。刘玉胜非常感激，遂在杨勇秘书吕儒琦帮助下写了一份告同胞书，表示要“重整旗鼓，报效抗战，将功折罪，以雪吾耻，以报国人”。这份告同胞书，在郓城四乡广为张贴，影响很大。
半年后，刘玉胜给杨勇写来一封信，说他已在旧部拉起一支300多人的队伍，希望八路军给他派干部加强领导。杨勇遂派吕儒琦等人去刘部工作。后来，这支部队在抗日斗争中表现不错，被正式命名为“鲁西独立团”，扩充到500多人。为此，当地一度流传着这样一段民谣：
正月里来正月正，
东进支队到山东，
罗荣桓陈光领兵马，
杨勇将军为先行。
二月里来杏花红，
奔袭樊坝是杨勇，
活捉伪军五百七，
义释团长刘玉胜……
樊坝一仗，初步打开了运（河）西局面。罗荣桓、陈光按照原计划，准备率部继续东进。但是，临行之前，中共郓城县委和当地群众纷纷去找罗荣桓，恳求将杨勇团留下。
为创建鲁西抗日根据地作为挺进山东的立足点，罗荣桓、陈光决定由杨勇率领686团的3营和团教导队留下来，组成东进支队第1团；加上师直两个连，坚持鲁西的抗日斗争，开辟抗日根据地。余下的1营、2营，重组686团，由副团长张仁初任团长，3营教导员刘西元任政委，随师部继续东进。
二、斗顽杂马到成功
杨勇留在鲁西时，鲁西地区的环境非常复杂：日伪军占领着济宁、郓城，气焰嚣张；国民党军不战而退，散兵土匪到处都是；一些地方顽固派，也在乘机扩充势力。
杨勇分析形势后，在全团干部大会上提出：创建鲁西抗日根据地有两个基本问题：一是武装问题，要有计划地发展和扩大武装，提高质量，加强党的领导；二是政权问题，要争取鲁西行政上的统一，改善民生，动员更多的人力、物力帮助军队。随后，他组织部队以连为单位分散做群众工作，他自己也亲自带一个连队到寿张六区等地开展工作。由于群众拥护和中共地方组织支持，工作进展顺利，局面很快打开。短短几个月，郓城、-城、寿张、范县、汶上、梁山等县，便建立起各种抗日救国的群众组织，游击组、自卫队、青救会、妇救会、儿童团等，如雨后春笋般竞相成立，大批青壮年纷纷参军抗日。到处出现母亲送儿打东洋，妻子送郎上战场，兄弟俩争着参军和双双参军的动人情景。有些村的青抗先成班、成排、成连地参军；有的村的青年参军人数占青年总数的百分之八十至九十。
鲁西抗日工作的迅速开展，使当地一些顽杂武装不能为所欲为，并直接影响到他们的经济利益甚至生存空间。尤其是国民党五届五中全会制定“溶共、防共、限共、反共”的反动方针后，国民党顽固派开始在各地大搞“磨擦”，使团结抗战的形势发生了严重的危机。
为团结进步力量，打击顽固势力，杨勇利用日、伪、顽军之间错综复杂的矛盾，正确运用中共中央抗日民族统一战线政策和策略，按照有理、有利、有节的原则，开始了反顽斗争。 反顽斗争的第一个回合，是痛击国民党山东保安第11旅齐子修部。该旅拥有5000余众，乘日军“扫荡”之机，经常骚扰民宅，烧杀抢掠，与八路军闹“磨擦”。4月间，在当地群众支援下，杨勇指挥部队在郓城东北连续同齐子修打了几仗。尤其是在肖皮口一带消灭其一个团，接着又在寿张集附近消灭其一个团，打得齐子修叫苦不迭，迫使他带着残部逃到黄河以北的茌平、博平、堂邑一带。
反顽斗争的第二个回合，是打跑国民党鲁西专员卢义之。卢义之兵力不多，却凭借国民党“正统”身份，到处制造谣言，诬蔑共产党的抗日纲领，还下令各地不准供给八路军粮食及其他物资，企图通过这些手段把杨勇部队挤出鲁西。开始，杨勇看着他是国民党专员，为利于国共合作，总是以礼相待，甚至还派政治部主任欧阳文专程赶往-城与他晤谈，争取他一道抗日。然而，卢义之却把他的诚意当成软弱可欺，更加肆无忌惮。在忍无可忍的情况下，杨勇预先做好各方面人士的工作，在4月打击齐子修部之后，又集中一部兵力给卢义之以狠狠反击，迫使他率残部灰溜溜西逃菏泽。
反顽斗争的第三个回合，是赶跑了泰西行政督察专员冯寿彭。冯寿彭曾任国民党29军宋哲元部少将旅长，1938年底被委任为保安18旅中将旅长兼泰西行政督察专员。他的部队兵力大，有轻重机枪50余挺，兵力数千之众，自称“山东独立第四旅”，主要活动在梁山附近。杨勇鉴于他也横行一方，被老百姓恨之入骨，遂顺应民意，将他赶了出去。
三次反顽斗争，次次“马到成功”，保证了鲁西抗日根据地的稳固，部队也日益壮大。1939年5月1日，686团第3营扩编为115师独立团，师直两个连扩编为第7支队。7月7日，两部在梁山县黑虎庙村扩编为115师独立旅，杨勇任旅长兼政委，段君毅任副旅长。独立旅下辖两个团：第1团，由独立团改称；第2团，由第7支队编成。8月，为加强对地方武装的领导，鲁西军区成立，由独立旅机关兼军区机关，杨勇兼军区司令员，段君毅兼副司令员，下辖3个军分区。
三、反“扫荡”痛击日伪
鲁西抗日根据地的创立与发展，引起了日伪军惊恐不安。6月30日，日军第114师团师团长沼田德重中将在对鲁中大“扫荡”之后，又窜到鲁西，企图在各部的策应下寻115师主力部队作战，并对泰运抗日根据地进行大“扫荡”。7月11日，沼田德重亲率800余步骑撞入我独立旅旅部驻地郓城县肖皮口附近。结果，被独立旅迎头痛击，歼其150余人，缴获战马10余匹。损失惨重的日军草草收兵，在沼田德重带领下退到聊城休整。
7月底，日军第32师团1个大队及伪军一部共400余人，由汶上向梁山进犯。8月2日，115师直属队预先设伏，以一部兵力将他们诱至梁山南麓前集附近伏击地域后，实施突然袭击，毙伤其大部，余者退守梁山西南的独山庄。当夜，独立旅第1团第3营会同师直属队向独山庄发起猛攻，激战至3日拂晓，歼日军少佐大队长长田敏江以下日伪军300余人，俘日军24人，缴获野炮2门，九二式步兵炮1门，创造了在敌我兵力相等、我装备低劣的条件下，全歼日军1个大队的模范战例，受到集总表扬。
日军损兵折将，恼羞成怒。8月4日又从济南等地调集5000重兵、30辆坦克、100多辆汽车，对鲁西抗日根据地进行报复性“扫荡”。杨勇指挥独立旅避其锋芒，化整为零，利用青纱帐作掩护，与日伪军周旋；并抓住战机，以劣势兵力和武器，在梁山、大小安山、大小凤凰山等地袭扰日军。日军的疯狂“扫荡”不但没有得到任何结果，反而损兵折将，丢盔卸甲，不得不败兴而撤。
在此期间，谁也未曾料到，杨勇属下一个连竟干了件国人虽不知晓却震惊日寇上层的大事：在聊城东门外，击毙了从肖皮口败逃聊城的沼田德重！
那是杨勇和段君毅根据当时的具体情况，为机动灵活地打击敌人，曾令属下在反扫荡期间“分散游击，连自为战”。7月16日上午， 沼田德重在聊城稍事休整后匆匆率部撤往济南。他们刚到聊城东边徒骇河上的小石桥，突然遭到埋伏在大路两侧的八路军部队猛然袭击。没等敌人醒过神来组织反击，这些游击健儿已在青纱帐里消失得无影无踪。此时，日军已伤亡200余人，沼田的胸部、腹部数处中弹，生命垂危，立即被送往济南市日军陆军中心医院抢救。由于天气炎热，沼田德重的伤口及胸腹腔内都已感染，无法医治。8月12日，这个双手粘满中国人民鲜血的恶魔死于济南！
沼田德重是我八路军击毙的日军4个名将之一。我军取得如此辉煌的战果，理当大张旗鼓地欢庆一番。但是，却长期无人知晓。直到数十年过后，才经聊城大学、聊城军分区、聊城市委党史办等有关部门多年调查研究，使其真相大白于天下：之所以如此，除了日方刻意封锁、114师团撤至济南后即回国解队之外，还可能出自以下几种原因：
一是伏击日军的是一支“以连为单位分散作战”的小部队，他们以小击大，以少胜多，必须在猛打一阵后快速退出，根本不容观察敌寇死伤情况，因而没有估算并上报战果。二是当时战斗频繁，休整很少，加之战场上的伤亡情况没有来得及统计，所以没有把这次战斗总结成典型战例。三是此次伏击战，没有列入上级计划，是参战指挥员根据“分散游击，连自为战”的原则，充分行使和发挥了自主权，相机顺手牵羊而为。四是战斗结束不久，可能参战连队离开了原有的建制，被编入其他部队，致使战斗信息丢失。
无论哪种原因，都说明343旅和鲁西军区在杨勇等人领导下，士气高昂，英勇善战，时时处处都能痛击侵略者。
到1939年年底，鲁西军民不但粉碎了敌人多次大规模“围剿”，还先后建立起泰西肥城、长清、泰安、东平，运西郓城、寿张、濮县、范县、观城，鲁西北冠县、馆陶、堂邑、莘县、朝城等14个县级抗日民主政权，部分地区还实行了减租减息，部队也发展到了5个主力团。
1940年3月中旬，鲁西八路军统一整编，恢复115师343旅番号，杨勇任该旅旅长。4月底，343旅机关兼鲁西军区机关，杨勇任旅长兼军区副司令员。同月，鲁西行政公署成立，杨勇兼行署专员。6月，杨勇担任343旅旅长兼鲁西军区司令员、政委。从此，他担负起统一领导鲁西抗日武装，开展平原游击战争的重任。 四、战潘渡远扬威名
潘渡又称潘溪渡，是郓城西北30华里处的一个集镇。杨勇以“围点打援”的战术在那一带设伏，再创了鲁西平原全歼日军的光辉战例，也使他本人进一步远扬威名。
1940年，郓城驻有日军第32师团一个大队和伪军共500余人，并在侯集、程屯等地设置据点。郓城日军自恃武器精良，经常出城对我根据地进行示威性“扫荡”。各据点日伪军也经常外出袭扰，一旦遭我打击，则龟缩据点，固守待援。而每逢这种情况，郓城日军又总是出动主力前去增援。
为巩固扩大运西抗日根据地，同时将敌人注意力吸引到郓城西北方向，以掩护115师教3旅第9团南下开辟巨（野）南地区，杨勇于当年年底召开鲁西军区军事会议，决定集中主力歼灭郓城日、伪军一部。根据敌人受袭必援的活动规律，又决定用围点打援的战法，以一部兵力围攻侯集，主力在侯集至郓城间的潘溪渡一带设伏，诱歼郓城出援之敌。
1941年1月2日，杨勇带领教3旅第7团和军区特务营、骑兵连的部分连以上干部，进至侯集至郓城之间公路两侧地带，一面掩护教3旅第9团挺进巨南，一面秘密勘察地形。通过实地侦察，选择了伏击敌人的战场，拟定了战斗方案。
为确保作战意图的顺利实施，杨勇即令参战部队用5天时间进行临战训练。此举大大提高了部队的战术、技术水平，树立了指战员敢打必胜的信心。
待奔赴伏击地区的前1天，杨勇向参战部队下达了作战命令。战斗部署主要是：
以军区特务营和地方游击队围攻侯集据点，吸引郓城日伪军出城增援；
以教3旅第7团于侯集至郓城间敌人必经之地，也就是碱场店地区公路两侧，布成袋形阵地，伏击援敌；
以军区骑兵连埋伏碱场店西南的贾楼，待战斗发起后迅速进至潘溪渡南侧，阻击郓城再次出援之敌；
以鲁西军区第2军分区警卫连埋伏碱场店东北的杨庙，监视阻击程屯据点敌人，并及时控制杨庙附近大堤，截击向东北逃窜之敌。
1月7日夜，部队冒着零下十几度的严寒，疾速向南挺进。刚到达指定位置，就很快做好了各项战斗准备。
1月8日凌晨，杨勇命令对侯集发起围攻。随之而来的，果然是侯集日军向郓城告急，郓城日军于当日午前由一个中队及伪军一部乘汽车4辆，附火炮1门，驰援侯集。当增援的日军进入预伏地域时，预伏部队立即发起攻击……战至8日黄昏，战斗胜利结束：我全歼日军1个加强中队和1个伪军警备大队，毙日军软木少佐以下160余人，毙俘伪军130余人，焚毁汽车4辆，缴获九二步兵炮1门、重机枪2挺、轻机枪6挺、步枪190余支！
为防日军报复，杨勇又开始抓紧时间日夜练兵，准备再战。果不其然，1月15日，日军第32、第21师团各一部7000余人及伪军3000余人，附汽车300余辆、坦克20余辆，在10余架飞机掩护下，先后从济宁、菏泽、临清、大名出动，对鲁西抗日根据地进行报复性“扫荡”。然而，由于杨勇指挥有方，不但挫败了日伪军“扫荡”企图，还歼灭日伪军700余人，进一步巩固了鲁西抗日根据地。
杨勇于1941年4月作为中共七大代表赴延安开会，后因七大延期举行，便进军事学院学习。7月1日，鲁西军区与冀鲁豫军区合并组成新的冀鲁豫军区，杨得志任司令员，仍在延安学习的杨勇被任命为副司令员。1944年2月，杨得志奉命离任去保卫延安，军区工作由杨勇主持。
杨勇于1944年4月返回冀鲁豫边区。刚到任，便发起南乐、东平、阳谷等战斗，指挥各分区部队协同作战，攻克敌伪盘踞多年的县城，歼灭日军万余人。
当年5月11日，冀鲁豫军区与冀南军区合并为新的冀鲁豫军区，宋任穷任司令员，黄敬任政委，王宏坤、杨勇任副司令员。当日，杨勇参与指挥军区部队和地方武装主动出击，在昆（山）张（秋）地区发起攻势作战，一周之内收复戴庙、寿张集、徐桥等伪军据点50余处，歼伪军1200余人，摧毁日伪军寿张至郓城的封锁线，使中心区向东扩展100多里。接着，又乘势攻下清丰县城，毙俘伪警备队1100余人和伪冀南道道尹及全道13个县的伪县知事、日本顾问；智取莘县县城，歼伪军及伪组织人员700余人。
从8月开始，杨勇参与指挥冀鲁豫军区部队向老黄河以南地区展开攻势作战。在东起梁山、西至-城100余里地区内，一周之内连克据点36处，歼伪军2900余人……那次攻势作战，使鲁西南各小块抗日根据地连成了一片。
同年11月，杨勇奉命组建晋鲁豫第7纵队，任司令员。随后，又投入肃清残余日伪据点的新的战斗。
一、打樊坝旗开得胜
1939年3月1日，“东进支队”抵达鲁西平原。刚到郓城县城以北的状元张楼，郓城开明人士便推选孙厚甫、傅仲华等20多人为代表，跋涉数十里，冒雨去迎接。他们还纷纷向“东进支队”控诉伪鲁西自治军师长兼郓城县长刘本功依仗日本鬼子，到处烧杀淫掠、横征暴敛的种种罪行；并说离此不远的樊坝，是刘本功据点中最大的一个，由刘本功之弟刘玉胜率领1个团驻守。他们希望八路军拔掉这个钉子。3月2日，中共郓城中心县委书记梁仞仟也赶往状元张楼，向陈、罗汇报工作，接受指示，并介绍了当地敌情。罗荣桓和陈光为顺应民意，同时也为了迅速打开运河以西地区的抗战局面，鼓舞群众抗日斗志，决定打下樊坝伪据点，消灭伪保安团，作为对山东父老乡亲的见面礼，并把这一任务交给了686团。
当时，由于部队从晋西到鲁西长时间行军，风餐露宿，非常疲劳；加上刚进入新区，敌情、地形不熟，又缺少平原作战经验，有些指战员对打好这一仗信心不足。杨勇发现后，认为当务之急是做好思想动员工作。于是，他亲自主持召开动员会，详细介绍樊坝伪军情况，具体说明打好这一仗的必要性和重要性，全面分析部队的有利因素和不利因素，着重指出克服困难取得胜利的办法。最后，他强调：我们686团在山西打出了威风，在山东也同样要打出威风来，要使山东的日伪军一听到686团的名字就头痛，就心惊胆战！师首长在期待着我们，人民在看着我们，考验我们的时候到了！一番话，把全团士气鼓得足足的。
3月3日（农历元宵节的前两天）下午，杨勇率部经过两个多小时的行军，到达樊坝附近。他亲自带领营连干部察看了地形，研究了作战方案，随后分配了战斗任务：整个参战部队分为两个梯队，第3营负责主攻，从北、东、南三面夹击；第2营辅助，并准备打敌之增援；第1营作为预备队。黄昏时分，部队占领了樊坝以西的制高点，并活捉了一个伪军哨兵。随后，有“夜老虎”之称的第3营第10连让那哨兵带路，沿敌人交通沟首先摸进樊坝。
这时，由于“东进支队”行军神速，樊坝伪军还不知道八路军已到郓城，更不知道他们兵临城下。直到他们被团团包围，还都蒙在鼓里。所以，仗打得非常利落：经一夜激战，全歼伪军1个团570余人，活捉刘玉胜，并击退郓城日军100余人的增援。此外，还缴获小炮1门、轻机枪13挺、步枪400余支，解救出被抢去的妇女30余人、被监禁的村干部20多人。捷报传出，当地群众欢欣鼓舞，奔走相告，八路军的声威在鲁西平原很快传播开来。
为争取和瓦解伪军，杨勇遵照罗荣桓的指示，亲自找刘玉胜谈话，晓以抗日救国大义，希望他改邪归正，重新做人。刘玉胜非常感激，遂在杨勇秘书吕儒琦帮助下写了一份告同胞书，表示要“重整旗鼓，报效抗战，将功折罪，以雪吾耻，以报国人”。这份告同胞书，在郓城四乡广为张贴，影响很大。
半年后，刘玉胜给杨勇写来一封信，说他已在旧部拉起一支300多人的队伍，希望八路军给他派干部加强领导。杨勇遂派吕儒琦等人去刘部工作。后来，这支部队在抗日斗争中表现不错，被正式命名为“鲁西独立团”，扩充到500多人。为此，当地一度流传着这样一段民谣：
正月里来正月正，
东进支队到山东，
罗荣桓陈光领兵马，
杨勇将军为先行。
二月里来杏花红，
奔袭樊坝是杨勇，
活捉伪军五百七，
义释团长刘玉胜……
樊坝一仗，初步打开了运（河）西局面。罗荣桓、陈光按照原计划，准备率部继续东进。但是，临行之前，中共郓城县委和当地群众纷纷去找罗荣桓，恳求将杨勇团留下。
为创建鲁西抗日根据地作为挺进山东的立足点，罗荣桓、陈光决定由杨勇率领686团的3营和团教导队留下来，组成东进支队第1团；加上师直两个连，坚持鲁西的抗日斗争，开辟抗日根据地。余下的1营、2营，重组686团，由副团长张仁初任团长，3营教导员刘西元任政委，随师部继续东进。
二、斗顽杂马到成功
杨勇留在鲁西时，鲁西地区的环境非常复杂：日伪军占领着济宁、郓城，气焰嚣张；国民党军不战而退，散兵土匪到处都是；一些地方顽固派，也在乘机扩充势力。
杨勇分析形势后，在全团干部大会上提出：创建鲁西抗日根据地有两个基本问题：一是武装问题，要有计划地发展和扩大武装，提高质量，加强党的领导；二是政权问题，要争取鲁西行政上的统一，改善民生，动员更多的人力、物力帮助军队。随后，他组织部队以连为单位分散做群众工作，他自己也亲自带一个连队到寿张六区等地开展工作。由于群众拥护和中共地方组织支持，工作进展顺利，局面很快打开。短短几个月，郓城、-城、寿张、范县、汶上、梁山等县，便建立起各种抗日救国的群众组织，游击组、自卫队、青救会、妇救会、儿童团等，如雨后春笋般竞相成立，大批青壮年纷纷参军抗日。到处出现母亲送儿打东洋，妻子送郎上战场，兄弟俩争着参军和双双参军的动人情景。有些村的青抗先成班、成排、成连地参军；有的村的青年参军人数占青年总数的百分之八十至九十。
鲁西抗日工作的迅速开展，使当地一些顽杂武装不能为所欲为，并直接影响到他们的经济利益甚至生存空间。尤其是国民党五届五中全会制定“溶共、防共、限共、反共”的反动方针后，国民党顽固派开始在各地大搞“磨擦”，使团结抗战的形势发生了严重的危机。
为团结进步力量，打击顽固势力，杨勇利用日、伪、顽军之间错综复杂的矛盾，正确运用中共中央抗日民族统一战线政策和策略，按照有理、有利、有节的原则，开始了反顽斗争。 反顽斗争的第一个回合，是痛击国民党山东保安第11旅齐子修部。该旅拥有5000余众，乘日军“扫荡”之机，经常骚扰民宅，烧杀抢掠，与八路军闹“磨擦”。4月间，在当地群众支援下，杨勇指挥部队在郓城东北连续同齐子修打了几仗。尤其是在肖皮口一带消灭其一个团，接着又在寿张集附近消灭其一个团，打得齐子修叫苦不迭，迫使他带着残部逃到黄河以北的茌平、博平、堂邑一带。
反顽斗争的第二个回合，是打跑国民党鲁西专员卢义之。卢义之兵力不多，却凭借国民党“正统”身份，到处制造谣言，诬蔑共产党的抗日纲领，还下令各地不准供给八路军粮食及其他物资，企图通过这些手段把杨勇部队挤出鲁西。开始，杨勇看着他是国民党专员，为利于国共合作，总是以礼相待，甚至还派政治部主任欧阳文专程赶往-城与他晤谈，争取他一道抗日。然而，卢义之却把他的诚意当成软弱可欺，更加肆无忌惮。在忍无可忍的情况下，杨勇预先做好各方面人士的工作，在4月打击齐子修部之后，又集中一部兵力给卢义之以狠狠反击，迫使他率残部灰溜溜西逃菏泽。
反顽斗争的第三个回合，是赶跑了泰西行政督察专员冯寿彭。冯寿彭曾任国民党29军宋哲元部少将旅长，1938年底被委任为保安18旅中将旅长兼泰西行政督察专员。他的部队兵力大，有轻重机枪50余挺，兵力数千之众，自称“山东独立第四旅”，主要活动在梁山附近。杨勇鉴于他也横行一方，被老百姓恨之入骨，遂顺应民意，将他赶了出去。
三次反顽斗争，次次“马到成功”，保证了鲁西抗日根据地的稳固，部队也日益壮大。1939年5月1日，686团第3营扩编为115师独立团，师直两个连扩编为第7支队。7月7日，两部在梁山县黑虎庙村扩编为115师独立旅，杨勇任旅长兼政委，段君毅任副旅长。独立旅下辖两个团：第1团，由独立团改称；第2团，由第7支队编成。8月，为加强对地方武装的领导，鲁西军区成立，由独立旅机关兼军区机关，杨勇兼军区司令员，段君毅兼副司令员，下辖3个军分区。
三、反“扫荡”痛击日伪
鲁西抗日根据地的创立与发展，引起了日伪军惊恐不安。6月30日，日军第114师团师团长沼田德重中将在对鲁中大“扫荡”之后，又窜到鲁西，企图在各部的策应下寻115师主力部队作战，并对泰运抗日根据地进行大“扫荡”。7月11日，沼田德重亲率800余步骑撞入我独立旅旅部驻地郓城县肖皮口附近。结果，被独立旅迎头痛击，歼其150余人，缴获战马10余匹。损失惨重的日军草草收兵，在沼田德重带领下退到聊城休整。
7月底，日军第32师团1个大队及伪军一部共400余人，由汶上向梁山进犯。8月2日，115师直属队预先设伏，以一部兵力将他们诱至梁山南麓前集附近伏击地域后，实施突然袭击，毙伤其大部，余者退守梁山西南的独山庄。当夜，独立旅第1团第3营会同师直属队向独山庄发起猛攻，激战至3日拂晓，歼日军少佐大队长长田敏江以下日伪军300余人，俘日军24人，缴获野炮2门，九二式步兵炮1门，创造了在敌我兵力相等、我装备低劣的条件下，全歼日军1个大队的模范战例，受到集总表扬。
日军损兵折将，恼羞成怒。8月4日又从济南等地调集5000重兵、30辆坦克、100多辆汽车，对鲁西抗日根据地进行报复性“扫荡”。杨勇指挥独立旅避其锋芒，化整为零，利用青纱帐作掩护，与日伪军周旋；并抓住战机，以劣势兵力和武器，在梁山、大小安山、大小凤凰山等地袭扰日军。日军的疯狂“扫荡”不但没有得到任何结果，反而损兵折将，丢盔卸甲，不得不败兴而撤。
在此期间，谁也未曾料到，杨勇属下一个连竟干了件国人虽不知晓却震惊日寇上层的大事：在聊城东门外，击毙了从肖皮口败逃聊城的沼田德重！
那是杨勇和段君毅根据当时的具体情况，为机动灵活地打击敌人，曾令属下在反扫荡期间“分散游击，连自为战”。7月16日上午， 沼田德重在聊城稍事休整后匆匆率部撤往济南。他们刚到聊城东边徒骇河上的小石桥，突然遭到埋伏在大路两侧的八路军部队猛然袭击。没等敌人醒过神来组织反击，这些游击健儿已在青纱帐里消失得无影无踪。此时，日军已伤亡200余人，沼田的胸部、腹部数处中弹，生命垂危，立即被送往济南市日军陆军中心医院抢救。由于天气炎热，沼田德重的伤口及胸腹腔内都已感染，无法医治。8月12日，这个双手粘满中国人民鲜血的恶魔死于济南！
沼田德重是我八路军击毙的日军4个名将之一。我军取得如此辉煌的战果，理当大张旗鼓地欢庆一番。但是，却长期无人知晓。直到数十年过后，才经聊城大学、聊城军分区、聊城市委党史办等有关部门多年调查研究，使其真相大白于天下：之所以如此，除了日方刻意封锁、114师团撤至济南后即回国解队之外，还可能出自以下几种原因：
一是伏击日军的是一支“以连为单位分散作战”的小部队，他们以小击大，以少胜多，必须在猛打一阵后快速退出，根本不容观察敌寇死伤情况，因而没有估算并上报战果。二是当时战斗频繁，休整很少，加之战场上的伤亡情况没有来得及统计，所以没有把这次战斗总结成典型战例。三是此次伏击战，没有列入上级计划，是参战指挥员根据“分散游击，连自为战”的原则，充分行使和发挥了自主权，相机顺手牵羊而为。四是战斗结束不久，可能参战连队离开了原有的建制，被编入其他部队，致使战斗信息丢失。
无论哪种原因，都说明343旅和鲁西军区在杨勇等人领导下，士气高昂，英勇善战，时时处处都能痛击侵略者。
到1939年年底，鲁西军民不但粉碎了敌人多次大规模“围剿”，还先后建立起泰西肥城、长清、泰安、东平，运西郓城、寿张、濮县、范县、观城，鲁西北冠县、馆陶、堂邑、莘县、朝城等14个县级抗日民主政权，部分地区还实行了减租减息，部队也发展到了5个主力团。
1940年3月中旬，鲁西八路军统一整编，恢复115师343旅番号，杨勇任该旅旅长。4月底，343旅机关兼鲁西军区机关，杨勇任旅长兼军区副司令员。同月，鲁西行政公署成立，杨勇兼行署专员。6月，杨勇担任343旅旅长兼鲁西军区司令员、政委。从此，他担负起统一领导鲁西抗日武装，开展平原游击战争的重任。 四、战潘渡远扬威名
潘渡又称潘溪渡，是郓城西北30华里处的一个集镇。杨勇以“围点打援”的战术在那一带设伏，再创了鲁西平原全歼日军的光辉战例，也使他本人进一步远扬威名。
1940年，郓城驻有日军第32师团一个大队和伪军共500余人，并在侯集、程屯等地设置据点。郓城日军自恃武器精良，经常出城对我根据地进行示威性“扫荡”。各据点日伪军也经常外出袭扰，一旦遭我打击，则龟缩据点，固守待援。而每逢这种情况，郓城日军又总是出动主力前去增援。
为巩固扩大运西抗日根据地，同时将敌人注意力吸引到郓城西北方向，以掩护115师教3旅第9团南下开辟巨（野）南地区，杨勇于当年年底召开鲁西军区军事会议，决定集中主力歼灭郓城日、伪军一部。根据敌人受袭必援的活动规律，又决定用围点打援的战法，以一部兵力围攻侯集，主力在侯集至郓城间的潘溪渡一带设伏，诱歼郓城出援之敌。
1941年1月2日，杨勇带领教3旅第7团和军区特务营、骑兵连的部分连以上干部，进至侯集至郓城之间公路两侧地带，一面掩护教3旅第9团挺进巨南，一面秘密勘察地形。通过实地侦察，选择了伏击敌人的战场，拟定了战斗方案。
为确保作战意图的顺利实施，杨勇即令参战部队用5天时间进行临战训练。此举大大提高了部队的战术、技术水平，树立了指战员敢打必胜的信心。
待奔赴伏击地区的前1天，杨勇向参战部队下达了作战命令。战斗部署主要是：
以军区特务营和地方游击队围攻侯集据点，吸引郓城日伪军出城增援；
以教3旅第7团于侯集至郓城间敌人必经之地，也就是碱场店地区公路两侧，布成袋形阵地，伏击援敌；
以军区骑兵连埋伏碱场店西南的贾楼，待战斗发起后迅速进至潘溪渡南侧，阻击郓城再次出援之敌；
以鲁西军区第2军分区警卫连埋伏碱场店东北的杨庙，监视阻击程屯据点敌人，并及时控制杨庙附近大堤，截击向东北逃窜之敌。
1月7日夜，部队冒着零下十几度的严寒，疾速向南挺进。刚到达指定位置，就很快做好了各项战斗准备。
1月8日凌晨，杨勇命令对侯集发起围攻。随之而来的，果然是侯集日军向郓城告急，郓城日军于当日午前由一个中队及伪军一部乘汽车4辆，附火炮1门，驰援侯集。当增援的日军进入预伏地域时，预伏部队立即发起攻击……战至8日黄昏，战斗胜利结束：我全歼日军1个加强中队和1个伪军警备大队，毙日军软木少佐以下160余人，毙俘伪军130余人，焚毁汽车4辆，缴获九二步兵炮1门、重机枪2挺、轻机枪6挺、步枪190余支！
为防日军报复，杨勇又开始抓紧时间日夜练兵，准备再战。果不其然，1月15日，日军第32、第21师团各一部7000余人及伪军3000余人，附汽车300余辆、坦克20余辆，在10余架飞机掩护下，先后从济宁、菏泽、临清、大名出动，对鲁西抗日根据地进行报复性“扫荡”。然而，由于杨勇指挥有方，不但挫败了日伪军“扫荡”企图，还歼灭日伪军700余人，进一步巩固了鲁西抗日根据地。
杨勇于1941年4月作为中共七大代表赴延安开会，后因七大延期举行，便进军事学院学习。7月1日，鲁西军区与冀鲁豫军区合并组成新的冀鲁豫军区，杨得志任司令员，仍在延安学习的杨勇被任命为副司令员。1944年2月，杨得志奉命离任去保卫延安，军区工作由杨勇主持。
杨勇于1944年4月返回冀鲁豫边区。刚到任，便发起南乐、东平、阳谷等战斗，指挥各分区部队协同作战，攻克敌伪盘踞多年的县城，歼灭日军万余人。
当年5月11日，冀鲁豫军区与冀南军区合并为新的冀鲁豫军区，宋任穷任司令员，黄敬任政委，王宏坤、杨勇任副司令员。当日，杨勇参与指挥军区部队和地方武装主动出击，在昆（山）张（秋）地区发起攻势作战，一周之内收复戴庙、寿张集、徐桥等伪军据点50余处，歼伪军1200余人，摧毁日伪军寿张至郓城的封锁线，使中心区向东扩展100多里。接着，又乘势攻下清丰县城，毙俘伪警备队1100余人和伪冀南道道尹及全道13个县的伪县知事、日本顾问；智取莘县县城，歼伪军及伪组织人员700余人。
从8月开始，杨勇参与指挥冀鲁豫军区部队向老黄河以南地区展开攻势作战。在东起梁山、西至-城100余里地区内，一周之内连克据点36处，歼伪军2900余人……那次攻势作战，使鲁西南各小块抗日根据地连成了一片。
同年11月，杨勇奉命组建晋鲁豫第7纵队，任司令员。随后，又投入肃清残余日伪据点的新的战斗。