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在分子生物学技术出现之前，人们对微生物的认识大多数是靠纯培养，或者靠直接形态观察来获得的。动物的胃肠道是一个复杂的生态环境，特别是反刍动物的瘤胃需要严格的厌氧环境，过去对瘤胃微生物的研究主要是一些经典的方法如享氏滚管法（Hungate．1969）和最大可能计数法（Dehority等，1989）。因为微生物形态简单，缺乏明显的外部特征，所以胃肠道中的大多数微生物由于难于模拟其生长繁殖的真实条件而很难培养。能培养的微生物只是天然微生物中的一小部分，