马尼特拗陷的东部和西部各具有不同的沉积特征。东部的阿尔善凹陷沉积了大套的暗色湖相泥岩,厚达近千米。在地震反射剖面上,可以见到三组振幅较强、连续性较好的反射,把这一套地层分成三个亚层序,每个亚层序内部,由不太连续和比较连续的平整弱振幅组成。经钻井证实,弱振幅反映的泥岩地层,其内部夹有三组砂岩,并在阿尔善构造上的阿2井见到了工业油流,说明东部地区是含油远景较好的地区。西部地区,从总的来看不如东部地区,例如宝格达凹陷的地震剖面,反映的是上部为水平反射层序,中部为倾斜反射层,其下为杂乱反射,属于复杂的三角洲沉积,没有湖相沉积。准沟凹陷的沉积特征与宝格达凹陷类似。但是,由层序对比来看,在西部也有相对较好的地区,如沙郡凹陷和塔北凹陷,这两个凹陷的地震剖面在一定程度上有与阿尔善类似的反射特征。凹陷中T₅—T₇为生油层,可以划分成三个相带,中间是密集反射带,表明砂、泥岩比较发育,从钻井资料证实,也有暗色泥岩存在,它们也具有生油条件。