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科学发展观的提出以及复杂性科学的兴起。要求必须立足整体主义开展城市发展研究。在这种背景下。提出城市系统工程的命题，其本质是一种城市发展研究的整体主义方法论。城市系统工程的核心内容包括：时空观作为研究理念，城市与发展作为研究主题，城市系统、城市逻辑与城市制度作为研究维度，以及发展阶段、发展规律、发展战略和发展调控作为研究问题。针对城市系统工程的三种研究维度。给出了对应的研究方法体系。