日光温室蔬菜生产对土壤要求较高，包括土壤要高度熟化；有机质含量达2%～3%，最好3%～4%；总孔隙度60%左右；地下水深2.5米以下；稳温性好；宜耕性好，菜园土适宜容重为1.1～1.3克/立方厘米，耕后土壤硬度宜20～30克/平方厘米；有较强的蓄水保水和供氧能力；含有较高的营养成分；不含或少含有害有毒物质等。一般情况下，建好一个温室不是用几年就拆除的，要连续多年使用，以创造出更大效益。为此，摆在菜农面前的是不可避免的土传病害等连作障害问题，如果不妥善处理，会造成较大损失。
　　1 引起土壤连作障害发生的原因
　　1.1 土传病害
　　约占诸多原因的64%。在连作情况下，作物连续不断地为病原生物提供丰富营养，温室环境又为病原生物提供了良好生态条件，从而使蔬菜土传病害原生物在土壤中越积越多。
　　1.2 土壤性质劣变
　　约占诸多原因的23%。在连作情况下，首先是土壤微生物菌落异化，有益微生物受抵制，细菌大量减少，有害微生物大量繁殖。其次是土壤养分失衡，发生营养过剩或缺乏症。第三是土壤发生次生盐渍化和酸化。
　　1.3 化感自毒物质积累
　　约占众多原因的10%。积累物质对同种或同科植物有抵制作用，称为化感自毒物质。蔬菜通过地上淋溶、根系分泌和植株残体将一些分泌物遗留在土壤中，逐年积累后就会对同种或同科作物发生毒害。目前已知番茄、茄子、西瓜、甜瓜、黄瓜等极易发生自毒作用。
　　2 克服温室土壤连作障害的方法
　　2.1 石灰氮淹水覆膜高温处理
　　夏季清除田间根茬和残体，清洁地面。在地面撒施秸秆等有机物每公顷15000～30000公斤、荣宝（石灰氮）1200公斤。人工深翻2遍，深度30～40厘米。整平地面作畦，用薄膜覆严地面。在膜下将畦内灌满水，封压薄膜，连续处理15天，处理完毕揭除薄膜，深翻30～40厘米，晾晒3～5天散出有毒物质，方可播种或定植。
　　2.2 淹水覆膜高温处理
　　夏季清除田间植株残体，每公顷施用面状生石灰1500～3000公斤，铡碎稻草、麦糠或秸秆肥15000～30000公斤，均匀撒施地面，深翻45～60厘米，然后挖深30厘米的沟，沟距40厘米。在沟内浇大水，至沟内保留明水为止。用整块薄膜覆严地面，连续处理15～20天，使处理区的地温达到50℃以上。处理结束揭去薄膜后，一般翻地整平即可。如果在处理结束后翻地前，每公顷再施用充分腐熟的猪圈肥30000～45000公斤，或腐熟人粪尿22500～30000公斤，或酵素菌（EM）生物肥，效果会更好。
　　2.3 生物防治技术
　　利用生物技术防治土壤连作障害将成为今后防治病虫害的重要手段。其主要措施包括接种或扩展拮抗菌、接种有益微生物、实行科学轮作倒茬或间作、充分利用抑病土（多年连作也不发生土传病害的土）等。