危机一：心理健康教育基础研究工作的极度薄弱
　　目前我国关于学生心理健康的研究论文中最常用的研究成果就是用心理量表对某一特定学生群体进行测评，然后得出该群体心理健康问题的严重程度，最后再得出一些表面化的建议。这种研究成果只能笼统地告诉我们某个特定人群某种心理问题的严重程度，真正的实质性的帮助很少。很多论文，看似实证研究，但在关键的说明心理障碍或是心理疾病的发生原因上却采取了主观推测的方法。
　　危机二：学校心理健康教育工作者专业水准的普遍低下与合理培养模式的缺乏
　　我国对学校心理健康教育工作者的资格有一系列的规定。但由于缺少系统的、统一的专业培训内容和制度，培训模式的随意性大，课程设置经常依教师个人兴趣而定。
　　目前，中小学心理健康工作基本上处于一种自发的状态，从事心理健康工作的人员一般是在班主任、教学骨干、德育工作者中选拔出来的。他们一般只进行过非常简短的培训，往往对心理健康教育工作的基本理念理解非常浅，而且由于他们有非常丰富的学生工作的经验，这些经验所造成的思维定势，有时会带来一些负面作用，影响心理健康教育工作的效果。
　　危机三：学校心理健康教育工作中出现混乱
　　1滥用心理测验 心理测验与评鉴工具随意售卖和被滥用的情况十分严重。
　　2心理健康教育与思想政治教育、德育的关系混乱 一些思想政治工作者或是德育工作者感到传统的教育模式难以收到好的效果，便寄希望于心理健康教育，甚至有人视心理健康教育为“思想工作的现代化”。这在一定程度上不利于心理健康教育的效果，也不利于心理健康教育者工作水平的提高。