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判断气道分泌物培养的病原菌是定植还是感染是目前呼吸系统感染治疗中的难点之一。痰培养对社区获得性肺炎的诊断和治疗参考信息较少。气道吸取物的病原培养对诊断呼吸机相关性肺炎的价值有限。慢性肺疾病患者远端气道细菌定植常见,仅凭气道分离菌的阳性结果并不能诊断呼吸道感染。与细菌相比,区分真菌是定植或感染难度更大,传统的呼吸系统真菌感染诊断方法有涂片和培养,但痰涂片阳性率低、无法鉴别菌种,而培养则耗时长、敏感度不高,新的非培养快速诊断技术正在不断探索、应用。