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现有FDI对地区产业结构影响的研究通常忽视自主创新能力,造成对FDI溢出效应估计的偏差。以长三角地区22个城市2002--2010年经验数据为基础,运用动态面板数据估计得知:FDI溢出效应整体上表现出对地区产业结构优化的负向影响,但自主创新能力对产业结构升级有积极作用。模型引入交叉项后发现:FDI通过技术外溢促进自主创新能力提升,进而优化产业结构.协同影响效应明显。提升自主创新能力及本土企业技术吸纳能力将是长三角地区未来发展的关键。