农业空间生态修复是国土空间生态修复的重要内容之一，耕地作为农业空间的重要载体，精准识别耕地生态问题并对其系统分区，是新时期耕地高质量发展与科学高效开展国土空间生态修复的重要前提。该研究以南方红壤低山丘陵区耕地生态修复为研究对象，以江西省为例，针对国土空间规划中耕地生态修复的景观连通性、矿山生态负面影响、恢复退化土地生态功能和农业开发对生态空间胁迫程度4个方面，识别了江西省耕地的破碎化、矿山损毁、水土流失以及与生态用地冲突4种生态问题，采用基于修正的通用水土流失方程（Revised Universal Soil Loss Equation, RUSLE）模型、景观指数、土地利用转移矩阵和GIS空间分析等方法对各生态问题的指标程度进行定量化分析；基于组合权重构建了生态修复综合指数，依据流域、主要生态问题与修复程度分区方法，对全省耕地生态修复进行了综合分区。结果表明：1)2000—2018年间，江西省耕地水土流失主要以轻度侵蚀为主，水土流失总面积减少50.98%，赣江上游流域和鄱阳湖环湖区等水土流失现象加重；耕地斑块密度、破碎度趋于增加，聚集度趋于离散；耕地占用林地、水域与湿地等生态用地面积共计739.15 km2；建材及砖瓦黏土类和稀有稀土金属等废弃矿山累计破坏耕地的面积为13.18 km2。2)江西省耕地生态修复综合指数空间差异化明显，按照划分标准，将江西省共划分为8个流域大区，38个小区，包括水土保持重点修复、矿山生态重点修复、生态用地重点修复和耕地连通重点提升4个方向。研究可为国土空间规划中农业空间的耕地高质量发展提供方法支撑，为江西省农业空间生态修复布局提供科学依据。