以18SrRNA基因作为真核生物分子标记,应用PCR-DGGE、定量PCR和测序方法,分析福建省漳平市奇和洞遗址文化堆积层真核生物的组成和含量。结果表明:不同文化堆积层真核生物群落组成存在明显差异又有所重叠,现代层与其它历史时期形成的堆积层的相似度仅44%,Shannon-Weaver(H)指数随着堆积层形成时间的增加而降低,与pH、铬(Cr)呈负相关,与总氮正相关;均匀度指数(E)与pH、铬(Cr)和铜(Cu)皆呈负相关;现代层以原生动物三足虫、丝足虫、鞭毛虫、台湾簇虫和真菌接合菌、毛孢子菌、轮枝菌等为主;清代到明代堆积层,以薄囊藓、梨蒴藓、壶藓、丛藓及蚌壳蕨类生物为主;7 500—14 000年前堆积层,也含有与清代和明代层相似的壶藓和薄囊藓类生物;7 500—17 000年前堆积层,皆含有三角褐藻、羽纹藻层和蚌壳蕨类生物。清代层中的18SrRNA基因含量最高,其次是明代层,而15 000—17 000年前形成的堆积层含量最低。18SrRNA基因含量与Cr、Cu皆呈显著负相关。表明真核生物对不同历史时期形成的文化堆积层的适应性不同,为了解不同历史时期形成的文化堆积层真核生物多样性演变规律及其对环境因子变化的适应性提供了新的科学依据,为生物考古学提供了新思路。