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随着互联网经济的快速发展和国家政策的扶助，农村电商迎来了历史性的发展机遇，而其生态系统仍较为脆弱，成为其可持续发展的制约因素。农村电子商务生态系统可分为核心种群、关键种群、支持种群和寄生种群，各种群之间既相互竞争，又相互合作。系统受到种群结构及外部环境因素影响，通过整合与优化，可实现协同效应。基于种群结构及外部环境因素视角，提出地方政府设立专项资金、在各主要环节培育农村电商关键种群，加快农村基础设施建设，培育具有理论与实践能力的涉农电子商务人才等优化农村电子商务生态系统的策略建议。