光绪三十一年（1905），由袁世凯领衔，联合湖广总督张之洞、两广总督岑春煊、两江总督周馥等会衔奏请立停科举，推广学校，得到批准。清政府谕令从丙午（1906）科起，停止所有乡试、会试和各省岁试。如此延续了1000多年的科举制度被废除了，为新式学校的发展扫除了障碍。袁世凯后来经常与其子女谈起这件事，认为是一生中最为得意的事情，并说自己从小就痛恨科举制度。他的精明之处还表现在吸取过往改革受制于原有官吏而失败的教训，非常重视“开官智”，把现有官吏的重新培训摆在突出地位。
　　一、袁世凯力主废科举
　　伴随着西方列强对中国的殖民与掠夺，“西风”在中国渐进，一些人自然会发现中国科举制度的滞后。对于这一项制度，朝野上下早已议论纷纷。但是因为牵涉面太广，迟迟没有改动，他们所担心的是废除这一项制度后，会引起巨大的社会反响与动荡。毕竟这要触发数百翰林，数千进士，数万举人，数十万秀才等，会彻底摧毁无数人毕生的努力和追求。因此，虽然废科举一直有动议，但没人肯当“出头之鸟”，恐树敌太多，也怕动摇制度的根本。此时，袁世凯挺身而出。当清末新政实行，废科举被视为“破冰之举”时，袁世凯毫不犹豫地接下这个烫手山芋。袁世凯先是借助1902年冬请假回籍安葬生母之时，乘火车到武汉，然后沿长江东下，再北上，沿途与代理湖广总督端方、两江总督张之洞等商量，达成分科递减的共识，同时约定第二年春天联合起来向朝廷建议。返回天津后，袁世凯又进京活动，就此事跟大学士、军机大臣荣禄、鹿传霖等人交换意见。1903年新年刚过，袁世凯就致电张之洞，商议起草奏折稿。起草奏折时，张之洞顾忌责任过于重大，坚持不担任主稿，于是袁世凯只好亲自拟稿。十天后袁世凯给张之洞电传了折稿全文，张之洞表示同意，让袁世凯联络其他各省，领衔上奏。
　　1903年3月，袁世凯主持、撰写的《请递减科举中额专注学校折》正式出台，由北洋大臣，直隶总督袁世凯领衔，联合南洋大臣、两江总督张之洞，山东巡抚周馥，四川总督锡良等将奏折递交朝廷。但由于大学士兼军机大臣王文韶坚决反对这一改革，此计划被迫搁浅。虽遭遇到阻力，但袁世凯依然坚持不懈。1905年王文韶军机大臣一职被罢，袁世凯再次联合湖广总督张之洞、两广总督岑春煊、两江总督周馥、湖南巡抚端方等联名上奏折“请立停科举，推广学校”。这次朝廷批准了袁世凯等人的建议，宣布从1906年开始所有乡、会试一律停止，各省岁科考试同时停止。这样从隋唐以来实行了一千二百多年的科举考试制度终结了，它的终结者是袁世凯。
　　二、废除科举后的缓冲过渡
　　一切不出袁世凯等人的预料，废除科举在当时所引起的巨大震荡对于全社会各阶层人士，特别是对读书人来说是晴天霹雳。但是袁世凯等人为这些士子留了一些出路，如创设各种学堂，选派学生赴国外留学。对于已取得举、贡、生员资格的读书人，分别不同年龄段，做不同安排：三十岁以下者易于改业，均令入学堂学习深造；三十岁至五十岁，可入仕学堂和速成师范，以谋出路；五十岁至六十岁，以及其他年龄段不能入速成科者，为他们宽筹出路；六十岁以上者酌给职衔以示安慰等。对于新式学堂毕业人读书人则分等次，让他们同科举考试挂钩，以适应当时普遍的社会心理状态。设计共分五级：第一级，通儒院毕业，给予翰林身份，按三等分别授以较优越的京、外官职；第二级，大学堂及相应学校毕业，给进士出身，授翰林院编修、检讨、庶吉士、各部主事等官，升学科入通儒院；第三级，大学堂预科，各省高等学堂，高等实业学堂，优级师范学堂毕业，给举人出身，授官知州、知县、内阁中书等，或相同级别的官职，升学可入大学堂分科；第四级，中学堂，中等实业学堂，初级师范、初级简易师范毕业，给拔贡、优贡等贡生身份，除中学毕业者外，其他可授县学官等，升学可入第三级学堂；第五级，高等小学堂毕业，给癝生等生员身份，升学可入第四级学堂。这种奖励新式学堂出身，将之作为做官条件的方式，后来一直为人诟病，认为这是科举制的变相遗留，是“换汤不换药”。但这种方式是不得已而为之，社会转型过程中的阻力和震荡是巨大的，必须有充分的缓冲过渡才行。所以废科举是一件进步的顺应历史潮流的事件。
　　三、袁世凯重视人才，兴办教育
　　袁世凯对军校的建立十分重视，其中最有影响的是武备学堂，该学堂培养初级军官，先后由冯国璋、段祺瑞兼任督办，这是当时全国规模最大的军校。从该校毕业，后来成了重要将领的有孙传芳、孙岳等人。另外，保定军官学堂，1906年创立，教授高等军事科学理论，该校产生了许多近代史上的重要人物，如蒋介石、张治中等。当时军校云集在保定，保定是近代最大的军事教育基地，而且是中国陆军的摇篮。另外值得一提的是：1901年袁世凯在济南创办大学堂，拟定试办章程；1905年，在天津小站镇开办电讯学堂。
　　清末十年，直隶基本上由袁世凯为首的北洋势力所统辖。袁世凯顺应历史大势，大力倡导兴办师范教育，因此，清末直隶师范教育成效显著，居于全国领先地位。这是因为袁世凯看到内外舆论公认新办师范教育，所以他更重视直隶师范教育。正如日本学者日户胜郎所说：“清国教育下手之第一著，莫急于先起师范学校，以造就各省小学校、国民教育之教员。养成教员者，是教育上最先最大之急务也。”直隶初步踏上了教育近代化的轨道，如创立的各级各类官立师范学堂，有1902年保定设立的直隶师范学堂，1902年在天津城北设立的北洋师范学堂，1904年创办的北洋女子公学（即天津女子公立学堂）等。另外，袁世凯还鼓励和支持私人开办师范教育，主要成果有1904年严修首创的师范讲习所；1906年温世霖创办的普育女学堂等。
　　袁世凯废科举等，推广学堂，重视教育，这与袁世凯的个性是分不开的。袁世凯知人善任，发掘人才，不论在编练新军，还是创办实业，都广泛地搜罗人才并加以重用。袁世凯在直隶的政绩与他重视人才和重用人才是分不开的，然而，在动荡的社会转型时期，对人才的需求更为迫切。袁世凯认为创办新学堂可以培养出大批人才，因而他十分重视办学与教育。