天然林保护工程是一项涉及面广、庞大复杂，具有综合性、长期性的系统工程，在全国全面实施天然林资源保护工程，是在我国经受了1998年特大洪灾之后，党中央、国务院从改善我国生态环境和实现国民经济可持续发展的战略高度做出的重大战略决策。要保证这项跨世纪的宏伟工程顺利实施，需要做好上上下下、方方面面的工作。要做好天然林、水源林、防护林的保护工作，必须着重抓好以下工作：
　　1形成共识，全民参与
　　由于人们单纯追求经济的发展而不顾对生态系统的破坏，对有限的自然资源和自然生态系统造成了巨大的破坏，从而形成了严重的生态危机。国务院出台的《全国生态环境建设规划》，更进一步确定了实施天然林保护工程的必要性和紧迫性。因此要进一步加大对实施天然林保护工程重大意义的宣传力度，提高全社会对森林的多功能性和多效益的认识，努力用党中央、国务院的重大决策统一广大干部群众的思想认识，形成全社会强烈的实现愿望，调动各方面的积极因素，使整个社会对保护天然林资源这项功在当代、荫及子孙后代的德政工程形成共识，并主动参与、支持和监督工程的实施。
　　2科学规划，分类经营
　　尽快设立森林生态效益补偿机制，用于提供生态效益的防护林和特种用途林的森林资源、林木的营造、抚育、保护和管理，要进行森林分类区划界定，划定范围，搞好规划，尤其是在那些靠天然林吃饭的林区，一定要划分核心区、禁伐区、生产经营区和生活区等，依照分类经营的思路尽快调整规划，从实际出发，实事求是，因地制宜地制定限伐或停伐计划，并组织对森林资源实施分类经营战略，根据社会对林业生态、经济的需求和国家林业分类经营及天然林保护工程的总体思路做出方案，按照森林的用途和生产经营目的，划定公益林、商品林，以便按林种和立地生产潜力组织科学经营，分类管理，建立新的林业经营管理体制和发展模式，本着生态建设与经济发展并重的原则，追求经济效益和生态安全双重目标，将经济、社会、生态三个效益有机地统一起来，使商品林和公益林建设协调同步，持续发展。同时，要大力发展非林非木产品，保证林区群众生活。
　　3坚决制止毁林开垦和乱占林地，抓好退耕还林工作
　　1998年特大洪灾过后，国务院及时发出了保护森林资源制止毁林开垦和乱占林地的紧急通知，要求各地采取严厉措施，抢救和保护森林资源。要把“封山植树、退耕还林”摆在首要位置。由于没有正确处理好保护森林资源和发展经济的发展关系，致使毁林开垦、乱占林地行为十分严重。因此，各级政府要充分认识在社会主义市场经济条件下森林资源保护管理工作的艰巨性和复杂性，坚决杜绝以牺牲生态环境，破环森林资源为代价谋求经济发展的行为，要采取切实可行的措施，使退耕还林工作做到责任、资金、时间、地块“四落实”，以确保退耕还林成果。
　　4全面实施绿色工程
　　天然林、水源林、防护林大多位于河流的源头或上游，水文作用大，一旦砍伐再想恢复就难了。在保护现有天然森林资源的同时，还要在各河流流域范围内实施生态重建工程，大力更新造林，封山育林，尽快恢复和重建被破坏的天然林生态系统，在不断扩大森林面积的同时，注重森林生态结构的改善和功能的增强。具体而言，就是要对江河两岸各两公里和公路、公路两侧各一公里以及乡镇村屯房前屋后100m的宜林荒山重点抓好防护林体系建设、防治荒漠化造林、平原绿化、封山育林、城市大环境绿化、生物防火林带造林等生态林建设，重塑生态文明。
　　5加大执法力度，实施依法治林
　　《森林法》是我国的林业大法，要坚决执行，依法管理森林资源和林业生产。加强森业法制建设，围绕新森林法的实施，抓好林业的立法和法规的配套工作，重点抓紧做好林地管理办法、森林生态效益补偿基金征收管理办法等的制定工作；加强林业执法和执法监督，坚持执行森林采伐限额制度，凭证采伐、凭证运输木材；坚持林地总量控制、用途管制和征占用林地由林业主管部门审核；坚决制止乱砍盗伐林木，严厉打击破坏森林资源的各种违法行为。加强执法队伍建设，全面提高执法人员的整体素质和依法行政水平。