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1.菇蕾枯萎死亡
1.1 症状 形成的菇蕾过密，接着相当一部分菇蕾枯萎死亡，甚至整批菇失收。
1.2病因 散布于表面的菌种过多，菌丝尚未长满料层，表面已经老化的菌种形成过多过密的菌蕾；床面通风换气不够、缺少新鲜空气；菌蕾形成后床面喷水过多，也会造成菌蕾死亡。
1.3防治措施 播种时必须采用适当菌龄的栽培种。播种方法必须采用点播和撒播相结合的方法，防止表面菌种过多，使整个培养基的菌种均匀一致；当培养基表面的菌蕾星星点点出现时，就要适当抬高薄膜，或增加通风换气次数，用空气的干湿调节，控制菌蕾的形成，防止菌蕾过多过密；菌蕾成批形成时，要增加菌床表面新鲜空气的补充。因为此时菌丝体的呼吸作用十分旺盛，会消耗大量的氧气，供氧不足、势必造成生理代谢的障碍，影响子实体的正常发育；在保持菇床环境湿润的条件下，尽量减少向菇床上直接喷水。因为湿度过大，菇体表面水分的蒸腾作用受到抑制，阻碍养分的吸收和输导。
2.菌盖不形成
2.1症状 花菜状。由大量原基密集组成似花椰菜状的子实体，直径由几厘米到20cm。菌柄不分化或极少分化；珊瑚状。菌蕾形成后，菌柄细长分叉，不形成菌盖或分化成很小的菌盖，形似珊瑚状。
2.2病因 子实体生长发育时供氧不足；菌床上光线过弱；培养基基湿度过大。
2.3防治措施 在平菇子实体生长发育时，加大菌床的通风量，使菇床保持空气新鲜。因为在二氧化碳浓度高于0.1%的条件下，极易形成菌盖小、菌柄长的畸形菇。对光线不足的菇床，要人为地补充光源。平菇在光照度60勒克斯以下易形成畸形菇，所以菇床的光照度应不低于60LX。出菇期间菇房空气相对湿度应控制在85%～95%。
3.水肿腐烂
3.1 症状 刚出现的子实体原基呈白色刺状，然后顶端形成灰褐色。病变时，灰褐色菌盖均变成淡黄色，两天后，黄色的子实体基部变粗，水多，呈水肿状，严重时会伴随部分菌丝细胞消解呈腐烂状。
3.2病因 中低温型平菇在子实体形成和发育时遇上温度不适宜，会导致菌柄上端停止输送养分，即菌丝养分转流到子实体时，菌糖不能转化成碳源，失去代谢物质、使菌盖组织逐渐死亡，呈淡黄色。这种患病的菇体，在高湿环境中很易遭受病菌侵染，而引起腐烂。
3.3 防治措施 掌握适当的播种季节是防止此病的关键。春季栽培应在2月份为宜，最迟不能晚于3月中旬，秋季栽培在9月下旬开始，可较好地避免高温，防止高温影响而出现水肿烂菇现象。如果出现这种病菇，应立即清除，以免感染蔓延。
4.地雷菇
4.1地雷菇及其形成原因 由于子实体着生部位低（在料内、料表、或土层下部）。导致子实体破土而出，因而菇根长、菇形不圆整，这种菇体通常称为“地雷菇”、“顶泥菇”。地雷菇菇质差、出菇稀，并且这种菇在出土过程中严重损伤在其周围土层上部的幼小菇蕾，对蘑菇前期的产量带来了明显的影响。产生地雷菇的原因，主要是培养料过湿，料内混有泥土，土层菌丝生长前期通气量过大，或安排通气时间不当，致使菌丝过早在土层下部扭结。
4.2防止方法 培养料不能混有泥块；在土层菌丝生长前期，尽可能创造菌丝在土层长足长好的条件，防止通气过大和产生较大温差而致使过早结菇。
5.死菇
5.1造成死菇原因 菇房中经常发生菇蕾枯萎、变黄，最后死亡的现象，平菇有时会成批死亡。造成菇死亡的主要原因是：当子实体只有芝麻或黄豆大小时，如菇房遇到23℃ 以上的高温，且持续时间较长，使子实体成批死亡；寒冷空气来临，如菇床大量用水，会加大培养料与覆土层的温差，降低子实体的代谢能力，致使菇床上子实体死亡；出菇较密时，由于采摘不慎，损伤其周围的小菇而造成局部死菇。
5.2防治措施 根据各地的气候特点，合理安排播种季节，避免高温出菇。如出菇时突遇高温，则应停止床面用水，夜间要打开门窗大通气；在寒冷空气来临后，要谨慎用水，绝不大量用水；采摘菇时，手捏着菇盖后应先来加转动一下，再稍用力拔起，以免掀动周围的覆土。
6.畸形菇
6.1 畸形菇及其形成原因 出菇期间，由于受到外界某些因素的影响，子实体生长不规则，称之为畸形菇。产生畸形菇主要有如下原因：出菇期间菇房通气过少，室内二氧化碳浓度过高，即超过0.3%以上，往往会出现长柄小盖的畸形菇；若冬季采用火炉加温，室内一氧化碳过量，子实体上便会产生瘤状突起；化学农药污染。
6.2畸形菇的防治 土质不要过硬，土粒大小要合适；出菇期间要做好菇房的通气工作；冬季菇房用火炉加温要有排放废气的装置； 化学防治病虫害时要适时适量。
7.薄皮早开伞
出菇期间，温度偏高，子实体生长速度快，对养分需求量大，而营养供应不足，因此长出的蘑菇会出现菌柄细、菌盖薄、提早开伞的现象。因此控制好出菇部位和出菇数量，并做好菇房的通气工作，能有效防止薄皮早开伞。
1.1 症状 形成的菇蕾过密，接着相当一部分菇蕾枯萎死亡，甚至整批菇失收。
1.2病因 散布于表面的菌种过多，菌丝尚未长满料层，表面已经老化的菌种形成过多过密的菌蕾；床面通风换气不够、缺少新鲜空气；菌蕾形成后床面喷水过多，也会造成菌蕾死亡。
1.3防治措施 播种时必须采用适当菌龄的栽培种。播种方法必须采用点播和撒播相结合的方法，防止表面菌种过多，使整个培养基的菌种均匀一致；当培养基表面的菌蕾星星点点出现时，就要适当抬高薄膜，或增加通风换气次数，用空气的干湿调节，控制菌蕾的形成，防止菌蕾过多过密；菌蕾成批形成时，要增加菌床表面新鲜空气的补充。因为此时菌丝体的呼吸作用十分旺盛，会消耗大量的氧气，供氧不足、势必造成生理代谢的障碍，影响子实体的正常发育；在保持菇床环境湿润的条件下，尽量减少向菇床上直接喷水。因为湿度过大，菇体表面水分的蒸腾作用受到抑制，阻碍养分的吸收和输导。
2.菌盖不形成
2.1症状 花菜状。由大量原基密集组成似花椰菜状的子实体，直径由几厘米到20cm。菌柄不分化或极少分化；珊瑚状。菌蕾形成后，菌柄细长分叉，不形成菌盖或分化成很小的菌盖，形似珊瑚状。
2.2病因 子实体生长发育时供氧不足；菌床上光线过弱；培养基基湿度过大。
2.3防治措施 在平菇子实体生长发育时，加大菌床的通风量，使菇床保持空气新鲜。因为在二氧化碳浓度高于0.1%的条件下，极易形成菌盖小、菌柄长的畸形菇。对光线不足的菇床，要人为地补充光源。平菇在光照度60勒克斯以下易形成畸形菇，所以菇床的光照度应不低于60LX。出菇期间菇房空气相对湿度应控制在85%～95%。
3.水肿腐烂
3.1 症状 刚出现的子实体原基呈白色刺状，然后顶端形成灰褐色。病变时，灰褐色菌盖均变成淡黄色，两天后，黄色的子实体基部变粗，水多，呈水肿状，严重时会伴随部分菌丝细胞消解呈腐烂状。
3.2病因 中低温型平菇在子实体形成和发育时遇上温度不适宜，会导致菌柄上端停止输送养分，即菌丝养分转流到子实体时，菌糖不能转化成碳源，失去代谢物质、使菌盖组织逐渐死亡，呈淡黄色。这种患病的菇体，在高湿环境中很易遭受病菌侵染，而引起腐烂。
3.3 防治措施 掌握适当的播种季节是防止此病的关键。春季栽培应在2月份为宜，最迟不能晚于3月中旬，秋季栽培在9月下旬开始，可较好地避免高温，防止高温影响而出现水肿烂菇现象。如果出现这种病菇，应立即清除，以免感染蔓延。
4.地雷菇
4.1地雷菇及其形成原因 由于子实体着生部位低（在料内、料表、或土层下部）。导致子实体破土而出，因而菇根长、菇形不圆整，这种菇体通常称为“地雷菇”、“顶泥菇”。地雷菇菇质差、出菇稀，并且这种菇在出土过程中严重损伤在其周围土层上部的幼小菇蕾，对蘑菇前期的产量带来了明显的影响。产生地雷菇的原因，主要是培养料过湿，料内混有泥土，土层菌丝生长前期通气量过大，或安排通气时间不当，致使菌丝过早在土层下部扭结。
4.2防止方法 培养料不能混有泥块；在土层菌丝生长前期，尽可能创造菌丝在土层长足长好的条件，防止通气过大和产生较大温差而致使过早结菇。
5.死菇
5.1造成死菇原因 菇房中经常发生菇蕾枯萎、变黄，最后死亡的现象，平菇有时会成批死亡。造成菇死亡的主要原因是：当子实体只有芝麻或黄豆大小时，如菇房遇到23℃ 以上的高温，且持续时间较长，使子实体成批死亡；寒冷空气来临，如菇床大量用水，会加大培养料与覆土层的温差，降低子实体的代谢能力，致使菇床上子实体死亡；出菇较密时，由于采摘不慎，损伤其周围的小菇而造成局部死菇。
5.2防治措施 根据各地的气候特点，合理安排播种季节，避免高温出菇。如出菇时突遇高温，则应停止床面用水，夜间要打开门窗大通气；在寒冷空气来临后，要谨慎用水，绝不大量用水；采摘菇时，手捏着菇盖后应先来加转动一下，再稍用力拔起，以免掀动周围的覆土。
6.畸形菇
6.1 畸形菇及其形成原因 出菇期间，由于受到外界某些因素的影响，子实体生长不规则，称之为畸形菇。产生畸形菇主要有如下原因：出菇期间菇房通气过少，室内二氧化碳浓度过高，即超过0.3%以上，往往会出现长柄小盖的畸形菇；若冬季采用火炉加温，室内一氧化碳过量，子实体上便会产生瘤状突起；化学农药污染。
6.2畸形菇的防治 土质不要过硬，土粒大小要合适；出菇期间要做好菇房的通气工作；冬季菇房用火炉加温要有排放废气的装置； 化学防治病虫害时要适时适量。
7.薄皮早开伞
出菇期间，温度偏高，子实体生长速度快，对养分需求量大，而营养供应不足，因此长出的蘑菇会出现菌柄细、菌盖薄、提早开伞的现象。因此控制好出菇部位和出菇数量，并做好菇房的通气工作，能有效防止薄皮早开伞。