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分子标记是８０年代初发展起来的遗传标记，它能够在ＤＮＡ水平上准确揭示出数量众多的遗传标记位点，由于分标记选择不受环境条件的影响，可利用较小的群体在较短的世代内选择到理想的基因型，从而提高育种工作中的选择效率和准确生，因此在遗传和育种工作中具有特殊用途，同时也为此后克隆目的基因奠定基础。目前已发展起来的分子标记有ＲＦＬＰ，ＲＡＰＤ，ＡＦＬＰ，ＳＳＲ和ＳＴＳ等。