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目的建立广西扶绥县乙型肝炎病毒(HBV)流行株Pre-S、S、Pre-C/BCP基因参照序列。方法选取2013年扶绥县乙肝慢性携带者(As C)89例,测定其Pre-S、S、Pre-C/BCP基因,采用同源性分析等方法确定基因型,并按基因型在MEGA软件中进行序列比对,建立参照序列。结果扶绥县参照序列与Gen Bank收录的中国其他地区同基因型HBV序列(CDQ448627、EU439006)相比差异较大,最高可达2.07%;扶绥县不同基因型间参照序列的差异程度大于不同地区同基因型序列间的差异,最小为2.87%,最大者可达9.65%。结论初步建立扶绥县HBV流行株Pre-S、S、Pre-C/BCP基因参照序列,为扶绥县HBV基因突变的研究奠定基础。