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《东南大学学报医学版》荣获2009年度＂中国科技论文在线优秀期刊＂二等奖。此次评审是对截至2009年11月30日已收录在＂中国科技论文在线＂科技期刊栏目的教育部主管的期刊,就期刊的影响因子和他引率、网站收录论文数和下载量、期刊入网的完整性及期刊编委的国际化程度、开放存取等统计分析，经过严格的评审，共评出一等奖30名，二等奖65名。