近年来，随着人类对益生菌研究范围的扩大和功能的深入，益生菌不仅可以加工成各种食品，通过消化道发挥作用，还可以外用于泌尿系统和皮肤。
　　至2009年，益生菌食品就已占有全球功能性食品市场的65%。益生菌产品种类繁多，其中包括含益生菌的酸牛奶、酸乳酪、酸豆奶以及含多种益生菌的口服液、片剂、胶囊、粉末剂、抑菌喷剂等等。
　　很多因素可以影响肠道菌群的平衡，如饮食、药物、压力等等，而摄入益生菌是恢复肠道平衡、降低胃肠道紊乱程度、改善肠道功能、降低胃肠道感染风险等行之有效的手段之一。在急性辐射肠炎的试验中，摄入活性益生菌的小鼠体内毒素水平和细菌感染程度都得到显著改善。
　　市面上的益生菌乳饮料广受欢迎。人体临床实验结果显示：摄入富铁益生菌乳饮料的儿童表现出较高的血红细胞水平，且铁摄入与血红蛋白有正相关性。
　　压力过大会引起亚健康，许多人曾有过都有在巨大压力下学习工作的经历，除了通过运动等方式以外，补充益生菌也是解压的好选择。研究表明，含有益生菌的发酵乳可以显著增加学校考试学生的淋巴细胞数，也可以通过对肠道菌群的调节增强母体的怀孕适应性，减少流产的危险。
　　其实，益生菌只有活着到达肠道才能发挥功效，而从口腔到大肠的长途跋涉中，并不是所有的菌群都能经过严酷的考验，特别是胃酸和胆碱这两关。由于人体胃液的PH值很低，大约为2，这即抵挡了外来有害菌进入肠道，但同时可能也阻止了一些有益的乳酸菌进入肠道，所以耐酸碱的“菌坚强”成为衡量乳酸菌活着到达肠道的首要标准。
　　尽管益生菌这一概念不是什么新鲜词汇，但对益生菌的科学研究仍处在幼年期。免疫功能不好的患者建议使用益生菌前，先和医生讨论后再决定。