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2018年启动的机构改革不仅优化和调整了政府机构设置和职能配置,也为分析政府部门行政成本的结构性变化及其对部门绩效产生的影响提供了宝贵场景.当前,实务界和理论界对政府部门行政成本管控与部门绩效管理关系的理解存在误区,即将成本绝对数变化作为绩效评价主要标准.文章以机构改革前后的生态环境部为研究对象,科学划分部门行政成本为行政运行与业务履职两类成本,发现虽然政府部门行政成本绝对数增加,但其中人均行政运行成本降低,人均业务履职成本提高,这些成本变化带来生态环境部的部门绩效提升.基于此,文章提出探讨部门行政成本和绩效之间的关系时,应以提质增效为目的,对部门行政成本进行分类管控,并构建政府部门行政成本的科学管理体系.