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科研经费管理是高校经费管理的重要内容之一。文章根据财政部2012年11月发布的《行政事业单位内部控制规范（试行）》和教育部、财政部2012年12月发布的《关于加强中央部门所属高校科研经费管理的意见》，结合企业内部控制理论，从内部环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督五个方面分析了高校科研经费管理中存在的主要问题，并探讨了相应的管理措施。