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为了分析Glan-Thompson棱镜两部分光轴不平行对棱镜性能的影响，利用冰洲石晶体的双折射特性，得到了两类晶体光轴不平行时Glan-Thompson棱镜出射光束偏离角、消光比和透射比的理论计算公式。结果表明，晶体光轴的不平行不会对棱镜的消光比造成影响；而晶体光轴的横向不平行会对出射光束透射比产生一定影响；晶体光轴的纵向不平行会对出射光束的偏离角产生影响。对于高精度的Glan-Thompson棱镜，由晶体光轴产生的对棱镜透射比和出射光束偏离角的影响是必须要避免的。