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杨家店萤石矿是典型的构造控矿,其成矿作用与中生代岩浆活动和化学性质活泼性碳酸盐-大理岩有关。其成矿母岩为酸性花岗岩,围岩为中元古界长城系魏家沟大理岩。当花岗岩上侵后,伴附大量硅质溶液,使围岩产生大理岩的硅化和透闪石化,绿泥石化,随着矿液和破碎带上升,与强度不同的大理岩进行交代形成交代型矿床,矿液在破碎带充足的空间沉淀充填,形成中-低温充填交代型热液矿床。