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建设创新型国家的关键在于国家创新体系的建立，它强调的是一个系统的概念。建设创新型国家理论蕴含着丰富的系统整体性思想、系统层次性思想、系统开放性思想、系统目的性思想、系统自组织思想和结构功能思想，以优化系统观点看问题，为深化科技体制改革，加快建设国家创新体系提供理论背景、学科支撑、方向导引和政策启发。