【摘 要】
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利用实时荧光定量PCR技术(Real-time Quantitative polymerase chain reaction,q PCR)检测0.1%甲醛交联RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP)富集SF2蛋白相互作用的RN
【基金项目】
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国家自然科学基金面上项目(31371257);上海市科委关键项目(12140900404,13140900300,15140900500)
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利用实时荧光定量PCR技术(Real-time Quantitative polymerase chain reaction,q PCR)检测0.1%甲醛交联RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP)富集SF2蛋白相互作用的RNA效率,为研究可变剪接因子SF2相互作用RNA的富集效率提供准确的质检方案。采用RIP技术获取He La细胞中SF2蛋白相互作用的RNA,等比例加入外源酿酒酵母(BY4741)RNA,并以其β-actin作为内参基因,利用q PCR检测RIP富集SF2蛋白相互作用RNA的效率。结果显示,0.1%甲醛交联RIP技术特异性捕获得到SF2蛋白-RNA复合物;q PCR技术检测阳性基因PABP、Srsf1在SF2抗体捕获的产物和Ig G抗体的产物中相应RNA的浓度差异均在60倍以上。利用q PCR技术,以外源酿酒酵母(BY4741)RNA作为内参,能快速、准确定量检测RNA的富集效率。
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