芸薹根肿菌蛋白磷酸酶组的鉴定及生物信息学分析

来源 :江苏农业学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：prince262

【摘要】

：

由蛋白激酶和蛋白磷酸酶调控的蛋白质可逆磷酸化是一种重要的蛋白质翻译后修饰,它在信号转导、细胞周期、基因转录、代谢调控等过程中起到至关重要的作用。本研究以芸薹根肿

【作者】

：

余方伟王神云张伟王红于利李建斌

【机构】

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江苏省农业科学院蔬菜研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室

【出处】

：

江苏农业学报

【发表日期】

：

2020年2期

【关键词】

：

根肿病芸薹根肿菌蛋白磷酸酶 clubrootPlasmodiophora brassicaeprotein phosphatase

【基金项目】

：

江苏省自然科学基金项目(BK20170608),国家自然科学基金项目(31701773),江苏省“333高层次人才培养工程”项目(BRA2018379),江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(18)2006]

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由蛋白激酶和蛋白磷酸酶调控的蛋白质可逆磷酸化是一种重要的蛋白质翻译后修饰,它在信号转导、细胞周期、基因转录、代谢调控等过程中起到至关重要的作用。本研究以芸薹根肿菌e3菌株的基因组为试验数据来源,采用生物信息学方法对芸薹根肿菌全基因组蛋白磷酸酶进行了鉴定和表达分析。基于隐马尔可夫模型(Hidden markov model,HMM)搜索与SMART分析相结合,本研究在芸薹根肿菌基因组中共鉴定出54个蛋白磷酸酶基因。编码的54个蛋白磷酸酶可以进一步被分成4类,包括10个磷酸化蛋白磷酸酶(PPP),21个金属离

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