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阐明病原微生物致病基因及其产物对于了解其致病性至关重要。由于致病机制复杂，因此有必要了解微生物细胞内哪些基因与体内定居有关、哪些与体内持续感染有关、哪些与毒力有关。如果能对病原微生物进行全基因测序，配合现代生物信息软件对基因顺序加以分析，就能对致病基因及产物、病原菌与宿主的关系以及病原菌引起的临床后果作出准确快速的判断。