侵华日军在中国实施细菌战使用的细菌主要有鼠疫、霍乱、伤寒、副伤寒、赤痢、炭疽,还有针对牲畜和农作物的鼻疽、炭疽、牛瘟、羊痘和锈菌、斑驳菌等,731部队、100部队等日军各细菌部队对这些细菌有巨大的生产能力,"鼠疫跳蚤"是日军最具杀伤力的细菌武器。日军细菌战方法主要有三:人工谋略投撒、飞机散布、飞机投掷细菌弹。飞机细菌弹对日军追求拥有针对美、英、苏的强力武器具有战略意义,但至战败时水平并不高,其"鼠疫跳蚤"已被美军有效防备。二战时期日本开发细菌武器终极目标是对美、英、苏拥有特殊武器,它的开发基地设在中国,因此不断在中国战场实验和使用其细菌武器。日军细菌武器到战败时也未能达到对美、英、苏构成严重威胁的水平,但对国力、军力、卫生防疫能力相对落后的中国则造成了巨大危害,其13年细菌武器开发史,就成了13年侵华细菌战史。