斯大林去世后，赫鲁晓夫执掌了苏联党政军大权。1953年6月，贝利亚被逮捕，同年12月被执行枪决。
　　1998年，贝利亚的儿子谢尔科向俄军事检察总院提出诉状，对父亲的死亡提出了质疑。
　　他说，在逮捕贝利亚当天，有人听到贝利亚住宅发生枪击。随后，一具尸体被抬了出来。由于尸体上盖着床单，人们未能看到死者的真正面目，据分析，这就是贝利亚本人。至于后来出庭接受审判的人则是另一位与贝利亚长相酷似的“赝品”。
　　但俄罗斯记者通过采访许多与贝利亚后期接触过的人认为，这位克格勃头子确实是经过合法审判后被枪毙的。
　　斯大林逝世后，贝利亚成为苏联部长会议第一副主席，控制着改组后的内务部，但随着时间的推移，贝利亚逐渐意识到，国家已经改朝换代，他的末日即将来临。为了准备退路，他开始把手中掌握的苏联国家领导人的“黑材料”转移到较为安全的地方，以应付不测。
　　为防止出现意外，赫鲁晓夫逮捕贝利亚时没有使用克格勃系统的力量，而是调动了莫斯科军区防空特别行动小组深夜秘密进入克里姆林宫，待贝利亚出现后，突然出击，并把他直接押解到一个防空洞。
　　克里姆林宫首先在精神上击垮了贝利亚，不仅使他承认了所有罪行，还逼他交出了隐藏的“黑材料”。1953年12月23日，苏联最高法院做出判决，判处贝利亚死刑并执行枪决。行刑人员出于对贝利亚的仇恨，还未等他被捆上就在楼梯处开了枪。后来，有人建议把贝利亚的尸体放在强碱中焚毁。当时防空洞中正好有一存有强碱的容器，大家就把尸体扔进容器中。这样，贝利亚的尸体就被焚毁了，案卷中也未留下他死亡的记载。
　　（据《老年日报》）