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惩罚犯罪与保障人权、中国传统法律文化与西方现代法律文化及司法成本充分性与司法资源有限性之间的相互对立，是刑事诉讼价值必然冲突的法理成因。“线形结构”的刑诉模式、人民检察院公诉与监督职能一体化、犯罪嫌疑人辩护权的弱势保障及刑诉证据规则等制度缺陷，也决定刑事诉讼价值必然会产生冲突。社会主义市场经济体制的确立、国人思维方式和价值理念的转变也对刑事诉讼价值的冲突提供了一定的生存土壤。