本研究利用AFLP标记技术对国家猕猴桃种质资源圃所收集保存猕猴桃属植物的38个种、17个变种及2个可疑分类群和1个近缘属物种共96份材料行了遗传多样性分析和系统发育分析。运用4个选择性引物组合共扩增出105个可靠的AFLP遗传标记，其中多态性标记103个，多态性标记百分比为98％，分类群内平均多态性标记百分比为27.01％。运用NTSYS-pc软件进行遗传相似性分析，计算遗传距离，构建UPGMA聚类表征图，并运用PHYLIP软件包的相关软件进行Wagner简约分支分析，构建系统分支树，其结果表明：①聚类分析反映出了各分类群间的亲缘关系，与传统依据形态分类提及的近缘关系大体一致；②分支分析支持净果组为单系类群且相对原始，其他三组均不构成单系类群，支持净果组作为单一组的划分，不支持现有其他组划分；③该属物种按地理分布聚类，分支分化与地理分布区域呈现出一定的相关性，表明地理环境在猕猴桃属分化及系统发育过程中起重要作用，该属植物的遗传分化还在强烈的进行；④猕猴桃属现有种的划分过细，可以适当归并。讨论了核DNA标记在该属系统学研究中的作用和意义，并深入讨论了该属的属下分类体系、系统发育及若干分类群间的相互关系，认为现行猕猴桃属属下分类系统有必要进行适当修订。