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基于R&D经费资源的稀缺性，在增加R&D经费投入之前研究R&D经费配置效率意义重大.在Wurgler(2000)模型基础上，通过构建R&D经费配置效率的动态模型和面板数据模型，对我国2004～2009年间37个工业行业的R&D经费配置效率进行研究.研究发现：我国R&D经费配置是有效率的(0.109)，但处于较低水平；我国企业自发R&D投资水平偏低且存在行业差异.要想提高我国R&D经费配置效率，一方面应当充分发挥市场机制在R&D经费配置中的基础作用，另一方面应当积极发挥政府在R&D经费配置中的宏观调控作用，还要不断增强企业提高自发R&D投资水平的积极性.