国家“十二五”规划中提出了“开创科学发展新局面”的要求，我国也因此进入了科学技术新一轮的发展阶段。社会各界也开始将目光投向我国科研项目绩效评价体系的改革和完善。申报国家科研项目的单位众多，其性质、分工、规模等各异。高校是我国重要的科研项目承担者，其科研项目绩效管理的方针政策和绩效评价的实施情况，不仅是其他单位的榜样，也可以为其他单位提供参考，促进科研项目绩效评价体系改革新思路的开发。本文重点对高等学校科研项目绩效进行评价。首先，采用平衡计分卡原理，并根据专家问卷调查，建立起科研绩效的指标体系，围绕科研成果、团队建设、人才培养、条件建设和经济社会效益等方面进行评价。其次，运用层次分析法，对各个指标的权重进行分析，确定权重值。第三，对权重值进行一致性检查，确定其合理性和有效性。最后，重点通过对N高校典型科研项目经费使用数据，以及项目取得的科研成果的工作量作为评价体系的指标数值，利用建立的科研项目绩效评价模型进行绩效评价，并提出其存在的问题及其成因，给出了相应的解决对策，一是保证评价机制的公开透明，二是完善学术信誉制度，三是重视科研成果转化率，四是重视人才的培养。本文的创新之处在于，提出了基于平衡记分卡理论的高校科研项目绩效评价指标体系。在深入分析现有科研项目绩效管理的基础上，通过对专家咨询访谈的方式提出了科研项目绩效考评的指标体系，运用层次分析法确定了各指标的权重。同时将该绩效评价模型应用到实际单位，通过对N高校一些典型科研项目使用该绩效评价体系的计算，发现了存在的问题，提出了对策和建议。