【摘 要】
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肠道作为生物体消化食物、吸收营养物质的场所,其中生存着数以亿计的微生物,这些微生物不仅有有益微生物,还有有害微生物以及细菌与病毒等,它们生活在宿主体内,借助宿主进食的营养物质与宿主一起生长、代谢和进化,在与宿主形成了一种动态平衡关系之后,二者就变成一个相互依赖、相互作用的整体。如果微生物生态平衡失调,会影响机体的正常生理活动,使动物患上各种疾病。随着近年高通量测序技术飞速发展,各种不同的分析手段应
【基金项目】
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国家自然基金地区科学项目:青海省喜马拉雅旱獭种群遗传分化与病原体及鼠疫流行的相关性研究（No.81560521）； 国家健康委员会:国家卫生健康委鼠疫防治研究重点实验室（No.2019PT310004）；
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肠道作为生物体消化食物、吸收营养物质的场所,其中生存着数以亿计的微生物,这些微生物不仅有有益微生物,还有有害微生物以及细菌与病毒等,它们生活在宿主体内,借助宿主进食的营养物质与宿主一起生长、代谢和进化,在与宿主形成了一种动态平衡关系之后,二者就变成一个相互依赖、相互作用的整体。如果微生物生态平衡失调,会影响机体的正常生理活动,使动物患上各种疾病。随着近年高通量测序技术飞速发展,各种不同的分析手段应运而生,技术的成熟使人们针对不同的实验对象如人体微生物、环境微生物等可以采用不同的宏基因组测序技术去了解菌群结构组成、菌群群落分布和单一菌属功能等成为可能,使人类有机会去探究生物体基因层面的奥秘。喜马拉雅旱獭（Marmota himalayana）作为青藏高原特有的野生动物,因为分布广、数量多,加之鼠疫特有的传播方式,使其成为了青海省鼠疫疫源地的重要传播者和储存宿主,但目前对于喜马拉雅旱獭的研究常见于传统形态分类、物种生态调查和动物鼠疫监测等方面,对于其携带病原微生物的研究很少,针对肠道菌群微生物的研究目前还未见报道,因此,本研究选取喜马拉雅旱獭作为研究对象,较为全面地研究喜马拉雅旱獭肠道微生物的组成,分析鼠疫流行区域旱獭的肠道微生物种群特点和进化关系。本研究通过16s r DNA测序技术共获得了2,195,499条有效序列,得到54262个OTUs。根据所获得的微生物序列进行物种注释,喜马拉雅旱獭的肠道菌群主要分布在4个门,9个纲,14个目,22个科,30个属。在4个门分类中,含量最高的是变形菌门（38.77%）,其次是厚壁菌门（32.82%）、拟杆菌门（19.78%）和放线菌门（7.47%）,其余菌门在喜马拉雅旱獭的肠道中含量较低,仅占1.16%。本研究第一次全面性的描述了青海喜马拉雅旱獭肠道菌群的微生物多样性、细菌的物种复杂程度及细菌的群落结构,分析了喜马拉雅旱獭肠道中微生态的组成结构与特点,研究其肠道微生物的群落分布和种群遗传特征,为及早发现新型病原体或者为防治、诊断动物源性的传染病提供理论依据。
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