大肠埃希菌Afa/Dr家族粘附素afa/draC基因片段的序列分析及流行病学调查

来源 :天津医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hsxy8848
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:Afa/Dr家族粘附素主要表达于引发泌尿系统感染和婴幼儿慢性腹泻的尿道致病性大肠埃希菌和弥漫粘附性大肠埃希菌,与泌尿系统感染、感染性腹泻、呼吸系统以及其他系统的感染密切相关。本实验以大肠埃希菌临床分离株为研究对象,采用分子生物学方法,检测大肠埃希菌临床株Afa/Dr家族粘附素afa/draC基因片段的序列,明确是否存在突变位点,并应用Primer Premier 5软件分析比对上述测序结果与相应的氨基酸序列变化情况;并对分离自泌尿系统、呼吸系统和消化系统的大肠埃希菌Afa/Dr家族粘附素携带率进行流行病学调查,为大肠埃希菌感染的临床防治探索可能的、新的思路。方法:1、菌株的收集、鉴定:收集2007年7月至2009年7月期间天津医科大学第二医院临床分离的大肠埃希菌,以及2009年5月至2009年10月期间于该院肠道门诊收集的部分腹泻病人便培养分离出的大肠埃希菌。采用常规的生化鉴定方法对收集菌株进行进一步鉴定。2、afa/draC基因片段PCR扩增、T-A克隆后序列分析:应用聚合酶链式反应(PCR)扩增20株临床分离的大肠埃希菌afa/draC基因片段,对PCR产物进行切胶回收纯化,T-A克隆后对克隆子再次进行PCR扩增,将产物测序结果与GenBank公布的序列进行比对,并将所测DNA序列翻译成氨基酸序列,分析氨基酸序列是否发生相应变化。3、大肠埃希菌Afa/Dr家族粘附素的流行病学调查:PCR方法扩增全部实验菌株的afa/draC基因片段,采用SPSS统计分析软件中卡方检验的方法,分析比较不同部位来源的大肠埃希菌afa/draC基因检出率有无统计学差异。结果:1、共收集大肠埃希菌600株,其中尿道分离菌261株,肠道分离菌244株,呼吸道分离菌22株,以及其他分泌物(血液、腹水等)分离菌73株。2、afa/draC基因片段PCR扩增、T-A克隆及序列分析:PCR产物电泳结果显示,50株临床分离的大肠埃希菌中20株PCR扩增产物条带位置与阳性对照菌的产物条带位置相符;T-A克隆后通过蓝白斑筛选方法得到克隆子-白色菌落,以克隆子DNA为模板进行PCR扩增后对产物进行序列分析;序列分析显示:20株临床分离菌株afa/draC基因片段序列与阳性对照株对比具有高度同源性(大于99%);所测菌株均存在3~4处基因变异,变异位点分别为284G→T、308T→C、600T→C和620C→G且变异位点存在高度一致性;根据基因推导氨基酸序列并进行氨基酸比对后出现氨基酸的替代:Pro184→Ser和Gln190→His。3、在收集到的600株大肠埃希菌中,402株检测出该基因片段,其中,186株泌尿道分离菌,169株消化道分离菌,22株呼吸道分离菌,以及34株其他分泌物分离菌携带该基因片段,其携带率分别为71.26%、69.55%、59.09%、46.58%。将其携带率进行统计学分析,发现,只有泌尿道分离菌和消化道分离菌分别与其他分泌物分离菌的携带率比较时有统计学意义(P<0.05),其他各组别间差异没有统计学意义。结论:1、20株大肠埃希菌临床分离菌株afa/draC基因片段序列与阳性对照株对比具有高度同源性(大于99%),但所测菌株均存在3~4处基因变异,且变异位点存在高度一致性。因为扩增片段只占afa/draC全基因长度的26.05%,据此推测afa/draC基因全序列可能存在其他变异。基因位点变异导致部分相应的蛋白质氨基酸发生替换。大肠埃希菌afa/draC基因位点的突变有可能是由于地域不同、生理环境不同所产生的正常差异,属于基因位点变异。这种变异所产生的蛋白质氨基酸改变有可能不会影响蛋白质的结构和功能。2、600株临床分离的大肠埃希菌Afa/Dr家族粘附素携带率为67.00%,泌尿道、消化道和呼吸道来源的大肠埃希菌之间携带率没有统计学差异,但是前两者该家族粘附素的携带率分别高于其他来源的大肠埃希菌。这说明该家族粘附素是大肠埃希菌的一个主要的粘附素种类,在致病过程中具有十分重要作用。
其他文献
《广告文案写作》是与实践紧密联系的实务课程,但目前课程教育却呈现注重理论而与实践脱节的状态。项目式教学法可以有效改变这种状况,将教学内容以项目方式进行分配,以项目
<正> 一您就站在那把寒碜的木椅旁那斑驳的裂纹一如您脸上的沦桑山区的刺骨寒风从不怜惜您还藏着弹片的老寒腿可老伴悉心备下的热水袋又总被您冷落一旁挥动结满茧花的大手您
目的构建丙型肝炎病毒1b型(HCV1b)非结构蛋白4B(NS4B)的真核表达载体。研究HCV1b NS4B对HepG2细胞凋亡抑制基因Bcl-xL和XIAP表达水平的影响。方法收集HCV1b RNA阳性血清;用Tr
<正>资产评估事业在我国尚处于起步阶段,资产评估的理论和方法研究也开始较晚,因此,存在一些有待探讨的问题。其中,资产中的一类特殊资产——无形资产的评估理论与方法问题是
胃腺癌是世界范围内死亡率居第3位、发病率居第5位的恶性肿瘤。对于局限期胃癌可以通过手术和辅助治疗获得治愈,但是一旦局部进展或者远处转移,胃腺癌往往不能治愈。目前只有
作文教学在初中语文教学当中占着很重要的位置,因为中考作文占了一半的分数。从这个意义上说,作文教学是整个中学语文教学的"半壁江山"不为过。然而,学生的作文质量差、写作速
世博会作为经济、科技、文化方面的奥林匹克盛会,其众多的基础设施以及大量的与会人员与展品将会很大程度的促进我国尤其是上海物流业的发展,本文首先分析了上海中小型物流企
随着现代社会经济不断发展,在企业发展过程中财务管理工作的作用也越来越明显,在整个企业管理中占据越来越重要的地位。在当前大数据时代背景下,为能够使财务管理取得更加理
本研究运用高速摄影和影片解析法对我国优秀女子铅球运动员背向滑步推铅球技术进行分析,获得大量有价值的图表和速度曲线。经研究发现:滑步阶段左腿的有效摆动能加大右腿蹬伸力
坐骨神经痛为临床常见病、多发病,在临床治疗上报道较多,疗效各异.但中西医结合骶管封闭治疗原发性和继发性坐骨神经痛,尚属少数.在传统疗法的基础上,本院自1992至2003年,采