虎纹蛙虹彩病毒检测技术、全基因组序列测定与分析

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虎纹蛙病毒(TFV)是使养殖虎纹蛙蝌蚪发病致死的主要病原,其形态结构鉴定为虹彩病毒.该文对TFV的检测技术及其基因组全序列进行了测定和分析,在此基础上对病毒的主要基因的定位及结构、TFV的系统进化及分类地位进行了探讨.首先根据虹彩病毒蛙病毒属的代表种FV3的主衣壳蛋白(MCP)基因保守序列,设计一对引物,以感染TFV的虎纹蛙蝌蚪组织匀浆液为模板进行PCR扩增,得到532bp的DNA片段.对得到的PCR产物(TFVMCP基因片段)进行克隆与序列分析后,再根据所得的TFVMCP基因片段序列设计一对引物,可特异地检测TFV的感染,从而建立了TFV特异的PCR检测方法.建立的PCR诊断技术敏感性很高,从而为诊断TFV早期感染,提供了快速、灵敏的手段.在此基础上,以TFV的MCP的这段核苷酸为探针,运用原位杂交方法检测了患病组织中的TFV,研究了其组织倾向性.该文应用TFV的主要结构和功能基因MCP、DdDP、DdRP、RDRA、RDRB、ATP酶、DMet、解旋酶以及极早期蛋白ICP-46基因编码的蛋白质构建了系统进化树.通过构建的进化树,从基因水平上研究了TFV的系统进化,探讨了虹彩病毒等细胞质内寄生的DNA病毒与宿主真核生物在进化上的关系.该文还从TFV生物学特性如形态结构、组织病理学、宿主范围和地理分布等方面,结合病毒基因组结构特征,分析TFV与蛙病毒及其它虹彩病毒之间的异同之处,对TFV的分类地位进行了探讨,确定TFV属于虹彩病毒科、蛙病毒属.TFV是虹彩病毒科蛙病毒属中第一个完成基因组全序列测定的病毒.
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