鹳形目鸟类和雁形目鸟类的传统分类一直存在分歧，而近期的分子系统学研究大多只用单个基因，其结论的可信度需要进一步验证。对于鹳形目，本研究通过核c-mos基因和线粒体12SrRNA基因序列分别和合并分析，采用分子系统学方法探讨了鹳形目6科12种鸟类的系统发生关系。文中测出鹳形目6种鸟类核c-mos基因的片断序列，结合来自Genebank的其他种类的c-mos和12SrRNA基因序列，分别经ClustalW软件对位排列后，以原鸡为外类群根据单基因和合并序列分别用最大似然法、最大简约法邻接法和和贝叶斯法建立系统树。系统树分析表明，鹳形目6科之间的系统发生关系总结为：(鹭科，((鹮科，美洲鹫科)，(鹳科，(鲸头鹳科，锤头鹳科))))。鹭科7个属之间的系统发生关系总结为：(麻鳽属(夜鹭属(池鹭属(苍鹭属(中白鹭属(白鹭属，大白鹭属))))))。对于雁形目，本研究通过核c-mos基因和线粒体12SrRNA基因序列分别和合并分析及cytb基因序列分析，采用分子系统学方法探讨了雁形目3科17种鸟类的系统发生关系。本研究测出雁形目9种鸟类核c-mos基因的片断序列，结合来自Genebank的其他种类的c-mos、12SrRNA和cytb基因序列，经ClustalW软件对位排列后，以原鸡为外类群根据单基因和合并序列分别用最大似然法、最大简约法邻接法和和贝叶斯法建立系统树。 　　本研究中基于不同单个基因的系统树都存在一定差异，表明基于单一基因的系统树是有一定误差的，需要通过序列合并分析或相互比较来进一步提高准确性。而基于合并数据的系统树支持率和分辨率都明显高于基于单基因的系统树，表明使用在遗传上相对独立的分子数据合并建立系统树有较高的可信度和分辨率，是一种更可靠的分子系统学研究方法。