阿维链霉菌和牙鲆基因组BAC文库的构建及分析

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tianshi581
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细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库和其他大片段DNA文库相比存在许多优势,如插入片段大、重组率低、转化效率高,并且在基因组测序、图位克隆、比较基因组学等方面应用广泛。本课题以阿维链霉菌原生质体和牙鲆血液为材料,分别构建了BAC文库并进行分析。  阿维菌素(avermectin)是阿维链霉菌(Streptomyces avermitilis)产生的一种次生代谢产物,其作为一种低毒、高效的抗生素在农业和医学领域具有重要作用。为了进一步阐明阿维菌素生物合成调控途径,以期提高阿维菌素产量、降低生产成本,本研究构建了阿维链霉菌BAC文库。该文库由2304个克隆构成,平均插入片段大小为101 Kb,基因组覆盖度达25.9倍。阿维链霉菌基因组拥有众多硫修饰(DNAphosphorothioation)位点,其在电泳时极易发生降解,通过在电泳缓冲液中添加硫脲可以有效抑制该现象。阿维链霉菌BAC文库的构建可以为其他具有硫修饰基因组物种的BAC文库构建提供一定参考。  牙鲆(Paralichthys olivaceus)是一种重要的经济鱼类,是我国第二大产量的海水鱼,但是其养殖近年来备受病害和种质资源退化的困扰。本研究构建了牙鲆BAC文库,希望为解决这些问题提供牙鲆基因组研究的资源,为牙鲆全基因组测序、抗性基因克隆、遗传育种等提供研究平台。该文库共包含94,464个克隆,保存于246块384孔板中,平均插入片段大小是134Kb,空载率低于1%,覆盖牙鲆基因组18倍。
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