随着我国政府相关扶持政策的出台,我国医药制造行业上市公司取得了巨大的发展,连续多年来GDP增长率都位于我国各个行业的前三位。医药制造行业在取得巨大的发展的过程的同时公司治理结构也暴露出来了一些问题,比如独立董事比例设置不恰当、对高管激励形式过于单一等等。分析我国医药制造行业上市公司治理结构方面存在的问题,并针对提出的问题提出解决措施,对于我国医药制造行业的财务绩效的提高,健康的发展是有益的。鉴于以往的学者对于上市公司治理结构的研究往往集中在所有的上市公司,或者是上市公司中的某个板块。很少有对我国上市公司的某个行业的治理结构进行分析的。本文从公司治理的角度对我国医药制造上市公司在发展方面存在的问题进行了分析,借此来解决我国医药制造业上市公司治理结构方面存在的问题,促进其财务绩效的提高。本文在对国内外关于公司治理结构和财务绩效关系研究的文献资料进行学习的基础上,首先对本文的相关的概念进行了定义,在明确相关定义之后进一步明确了本文分析的理论基础。接下来对我国医药制造行业上市公司的发展状况做了简单的介绍,在此基础上对我国医药制造行业上市公司治理结构方面的特征做出了分析。在前文分析的基础上,本文通过选取2011-2013年我国医药制造行业284家上市公司为样本,建立了公司财务绩效与公司治理结构方面特征的回归模型。研究的结果显示我国医药制造行业上市公司财务绩效与股权特征变量之间不存在显著关系；与董事会规模呈反比,与独立董事比例成反比,而且都通过了显著性检验,与董事长兼任总经理之间不存在显著关系；与监事会大小之间不存在显著关系；与高管货币薪酬之间存在正相关关系,但是不显著,与高管期权激励和股权激励之间存在显著的正相关的关系。在对回归模型分析的基础上,本文分析了我国医药制造行业上市公司在治理结构方面存在的一些问题,从股东大会角度、董事会角度、监事会角度、高管激励角度以及剩余索取权和剩余控制权对称性分布等角度提出了完善的措施。