国以农为本,农以种为先。粮食安全是保障国家发展的关键,农作物种业是粮食安全的基础,直接影响到国家安全。从古至今农业一直是我国发展的重要产业,因此我国种子交易量处于世界前列,2000年《种子法》颁布之后,国外种业巨头纷纷抢占国内种子市场。长期以来,我国农作物种业以科研单位为主导,育种资源集中在科研单位内部,种子企业自主育种能力弱,市场竞争力差。传统产学研合作模式下,企业与科研院所及高等院校之间以品种权为纽带进行浅层次的合作,没有从根本上解决企业育种能力的问题。而科研单位进行育种忽略了市场需求,使育成品种与市场脱节,造成新品种缺乏市场竞争力。2011年国务院颁布了 8号文件,对我国种子产业提出了新的发展方向,提出种子企业要逐渐成为市场主体,根据市场需求进行商业化育种。然而,国内种子企业缺乏育种资源,创新资源集中在科研单位内部,因此,种子产业改革的关键在于育种资源的流动,促进创新要素流向企业,推动企业构建育种团队,创建育种创新平台,实现科技成果的转化。因而,科企合作是我国种子企业实现商业化育种的必然途径。但科企合作的实施效果并不明显,企业育种能力没有明显提高,育种机制与科企合作不协调,科技创新与成果转化脱节、成果与市场脱节的问题仍然存在。因此,对参与科企合作的企业进行绩效评价非常重要,分析阻碍科企合作成效的关键因素,对于提升科企合作效率,加快商业化育种的进程具有重要意义。本文分为三个部分,第一部分为理论分析,通过大量的文献研究构建出本文的研究框架;第二部分为实证分析,通过对西部地区种子企业的实地调查数据结合计量分析模型实证分析种子企业参与科企合作的绩效水平以及影响绩效的因素;第三部分为结论及建议,基于理论和实证分析的基础上,总结得出研究结论,并提出具体可行的对策建议。本文主要结论:第一,整体上种子企业科企合作绩效水平较低:(1)从科企合作有效性方面讲,整体上科企合作绩效水平较低,大多数参与科企合作的种子企业处于DEA无效区域;(2)从纯技术效率方面讲,企业通过科企合作在育种技术水平方面得到了一定的提升,但还是有部分企业技术效率水平较低;(3)从规模效率方面讲,科企合作规模效率普遍较低,效率均值处于0.6左右,对企业科企合作效率起着决定性的作用;(4)从综合效率方面讲,企业综合效率值较低,投入冗余现象严重;第二,西部地区种子企业参与科企合作绩效水平受到多方面因素的影响:(1)企业自身因素包括企业规模、企业市场竞争力和企业R&D吸收能力对科企合作绩效具有显著的正向影响;(2)科企合作双方因素合作资源共享程度对科企合作绩效水平具有显著的正向影响,而合作机制对科企合作绩效水平的影响不显著:(3)外部环境因素政府财政资金对科企合作绩效水平具有显著的正向影响,而科企合作平台建设和高层次人才流动机制的支持力度对科企合作合作绩效影响不显著。根据以上研究结论,从科企合作绩效水平影响因素的角度分为三个维度给出如下对策建议:(1)企业自身方面,提升主体意识,提高自身研发能力,适当调整企业规模;(2)科企合作双方主体方面,加快育种要素的流动,促进科企之间深入合作;(3)外部环境方面,加大政府财政资金的支持力度,强化政府监督职能。