本试验采用MSAP技术研究黄顶菊DNA表观遗传多样性变化特征,分析不同地理分布区域的黄顶菊种群间表观遗传多样性差异,揭示环境差异对表观遗传多样性变化的影响规律。探究黄顶菊基因组DNA甲基化是否具有器官特异性和发育阶段特异性,分析不同的采样标准和不同处理方式对黄顶菊的DNA甲基化模式的影响,为制定黄顶菊的科学采样策略奠定理论基础。研究结果表明不同入侵地区试验中13对引物扩增出993条MSAP条带,多态性百分比为88.52%。不同入侵地区黄顶菊种群的多态性百分比高,为84.03%-92.31%,Gst为0.07,Nm为3.321,表明不同地区黄顶菊种群间基因交流频繁且遗传分化不显著,土壤因子与甲基化水平之间的相关性不显著,但甲基化模式差异显著。推测黄顶菊借助甲基化修饰来改变自身甲基化水平从而适应新环境。种子萌发试验中12对引物扩增出998条MSAP条带,多态性百分比为95.29%。共有49%的位点发生了 DNA甲基化和去甲基化的变化,且两者在种子萌发过程中同时存在,去甲基化和甲基化位点数分别为73个和21个,种子萌发以去甲基化为主,在萌发第4天后去甲基化数目快速上升,这与种子萌发需要大量基因表达的结论一致。在黄顶菊器官和发育阶段试验中分别筛选出13对和14对引物,扩增出536条和407条MSAP条带,两者均存在显著特异性。不同器官个体间差异不同,根和茎的个体间差异大于叶,不同发育阶段个体间也存在显著差异。不同样品处理试验中12对引物扩增出340条MSAP条带,相同的引物扩增MSAP条带数量相近且甲基化模式一致,认为不同处理方式对黄顶菊DNA甲基化水平无影响。