新一轮全球科技革命和产业变革正孕育兴起,中国科技创新发展正面临着重大机遇与严峻挑战,为此需加快实施创新驱动发展战略,建设创新型国家。自2008年推进的创新型城市建设是建设创新型国家的有力举措。在全面实施预算绩效管理的政策背景与经济新常态的现实条件下,粗放型的创新型城市投入发展模式已不可持续,亟需优化财政科技支出绩效,促进城市创新系统发展。以2014—2018年为研究周期,以“强创新与强财政”的国家试点创新型城市与“弱创新与弱财政”的地方自建创新型城市共30个城市为研究对象,构建城市创新系统熵值评价指标体系,测度不同类别城市创新发展需求。在财政部《政府收支分类科目》的分析框架下统计描述城市财政科技支出规模与结构,发现支出重点。将城市财政科技支出重点与创新发展需求作适配性分析,发现其中问题与逻辑。研究发现,国家试点创新型城市与地方自建创新型城市皆在科学技术管理事务、科技条件与服务、知识产权事务支出方面满足创新发展需求。两类城市在技术研究与开发、人力资源事务、应用研究、科学技术普及、基础研究等方面存在支出结构不合适、支出规模不足够的问题,未能满足创新发展需求。适配性情况背后有两大内在原因,一是政府与市场关系矛盾,如市场条件较为一般的地方自建城市倾向于以财政强干预手段组织创新活动,国家试点城市则倾向于放权。二是创新考核与创新能力关系矛盾,如创新能力与财力有限的地方自建城市为完成全面的创新指标考核任务,而付出较高的科技管理支出成本,无力开展特色专项支出,而国家试点城市支出方向明确且多样。籍此,提出加大基础研究财政投入以推进原始创新,在创新规律之上优化财政科技支出绩效,根植城市实际条件与能力建设创新系统,理顺创新系统建设中的政府与市场关系等政策建议。