目的:　　本课题利用基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus， CEO）查找口腔鳞状细胞癌（Oral Squamous Cell Carcinoma，OSCC）相关的基因表达谱芯片，下载芯片数据并构建表达矩阵，筛选OSCC和正常口腔组织之间的差异表达基因（Differentially Expressed Genes， DEGs）。从而为确定口腔鳞状细胞癌的关键基因以及疾病预防、早期诊断和药物靶点治疗等提供理论依据与参考。　　方法:　　从GEO公共数据库下载mRNA表达谱芯片数据GSE31056，从96个组织样本中选择23个正常口腔组织样本及23个OSCC组织样本。使用Rstudio软件，基于R语言环境，利用Bioconductor中的Impute软件包和 Limma软件包对数据进行预处理并且筛选出差异表达基因（DEGs）。使用 Heatmap软件包对变化显著的差异表达基因进行层析聚类分析及可视化处理。使用clusterProfiler软件包对得到的差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。将OSCC差异表达基因导入 STRING数据库，构建蛋白质－蛋白质相互作用网络（PPI），并将其导入 Cytoscape软件进行可视化处理并构建蛋白质互作网络的子网络。　　结果:　　通过上述方法，成功筛选出715个差异表达基因（基因表达倍数变化≥2），与正常口腔组织样本相比，有258个基因呈现上调趋势，457个呈现下调趋势。在蛋白质互作（PPI）网络中， SPP1、MMP1、MMP7、MMP9基因具有较高节点，并且与周围蛋白质存在较多互相作用。这些基因可能成为OSCC发生、发展的潜在生物标记，　　结论:　　本课题基于生物信息学的R语言环境通过mRNA表达谱芯片，筛选出口腔鳞状细胞癌和正常口腔组织之间的差异表达基因。通过对差异表达基因相关的蛋白质互作网络分析筛选出度值最高，与周围蛋白质互相作用最多的基因。从而为确定口腔鳞状细胞癌的关键基因以及疾病预防、早期诊断和药物靶点治疗等提供理论依据与参考，为我们后续的实验提供新思路。