半日花(Helianthemum soongoricum)是古地中海孑遗植物,间断分布于新疆和内蒙古地区的旱生或超旱生环境中,是国家二级保护植物。对濒危植物遗传多样性的研究不仅能了解物种的进化历史和导致物种濒危的原因,也能制定并采取有效的科学措施来保护受威胁的物种。同时遗传多样性为生物学的各分支提供了重要的科学依据,可以帮助人们更好的认识生物多样性的起源和进化历史。对孑遗濒危植物半日花遗传多样性和遗传结构进行研究,了解其种群间和种群内遗传变异情况和分布规律,为揭示其濒危的机制、提出科学有效的保护措施奠定基础。具体研究结果如下：1.采用ISSR分子标记对内蒙古半日花和新疆半日花的遗传多样性和遗传结构进行分析显示,20个多态性引物在11个居群502个体中共检测到258条带(213条具多态性),多态位点比率为83.1%。在居群水平上,Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性分别为0.452和0.294；在物种水平上分别为0.497和0.330。基因流Nm值为4.079,基因分化系数Gst为0.109。分子方差(AMOVA)分析显示总的遗传变异中有23.46%的遗传变异存在于居群间。2.对11居群聚类分析表明,千里沟和棋盘井居群,巩留和尼勒克居群亲缘关系较近,首先聚在一起,遗传一致度最高；阿尔巴斯、岗德尔居群和桌子山,伊宁、昭苏、新源和特克斯居群亲缘关系较远,遗传一致度最低。3.通过Mantel检测表明,半日花遗传距离与地理距离无相关性。