本论文通过对大量相关资料的理解和分析，从成本效益分析法、内部控制、流程管理、信息技术、风险管理等多角度入手，针对供应链服务商如何基于成本效益分析进行成本内控管理的应用研究进行了理论分析，并从实证方面验证了该管理方法对供应链服务商实施成本控制所起到的效益提升作用。 首先，从供应链服务商与第四方物流存在的两个主要不同点说明供应链服务商存在的成本控制风险：一是提供服务的范围不同，第四方物流是为客户提供整个供应链的物流解决方案，而供应链服务商则可以为客户提供除了产品设计、开发、制造、销售、市场之外其他任何业务的解决方案，并不局限于物流；二是金融信贷业的支持力度不同，第四方物流对于金融服务的合理运用仅仅是从结算便利性上考虑，自有其局限性存在，而供应链服务商对于金融服务的合理运用是从供应链的整体资本效应去考虑，在整合资源重建供应链体系时就已将资本的流动效应融合在其中了。以上两个主要不同点使供应链服务商提供的服务广度更大、服务深度更具多样化，但同时也使其服务成本的不确定性因素增多，资金风险扩大，成本可控难度增大。也就提出了本论文要研究的关键问题：如何通过有效的风险防范使服务成本控制在预期估值中。 其次，从供应链服务商期望实现在基于市场竞争因素产生的服务定价机制下通过有效的管理手段和把控风险能力降低其服务成本的双赢目标为切入点，借用西泽教授对制造业的成本控制思路，结合供应链服务商的业务特点，提出了成本控制的各个不同层级下供应链服务商应使用的成本管理方法：一是策略规划阶段对每个供应链整合项目的各项服务采用成本效益分析方法对其进行合理估值，并依此选择出最优的整合方案；二是在管理控制阶段以风险防范为主要目标，成本控制为次要目标，流程优化为管理方法设置出合理的内部控制体系，将策略规划阶段的整合方案转换成可执行的成本控制计划；三是在作业控制阶段以信息技术为信息整合手段，通过全员流程管理对职能管理的替代转化，将管理控制阶段确立的成本控制计划按控制要求达到最佳效率点。 最后，在案例应用方面，以某个公司的一个整合项目为例，通过对该整合项目的方案进行风险评估、成本效益分析后，按理论研究方法重建了内控管理体系，优化了相关控制流程，并简要说明了该公司应如何实现全员流程管理。从而进一步验证了供应链服务商以内控管理的角度解决成本控制问题的可行性。 本论文共分为五章：第一章在明确研究背景、目的及意义的同时，通过问题的描述提出了本论文的内容框架；第二章介绍了供应链服务商的概念，包括其与第四方物流的区别，同时介绍了成本效益方法、成本控制、流程管理等相关知识；第三章提出了供应链服务商的几种基本运营模型，并对供应链服务商几种基本运营模型的成本效益关系进行了分析。通过分析可以确认供应链服务商存在新的利润增长点，以及成本内控管理对效益隐性提升的有效性；第四章以A公司的某一个整合项目为案例，说明基于成本效益分析进行成本内控管理是实现最大整合效用达到双方共赢的最佳方法；第五章提出了本论文的结论，从成本效益分析的观点出发，指出从内控管理的角度解决成本问题是供应链服务商获取新的利润增长点的最佳渠道。同时从效益提升的角度指出尚有待于进一步研究的几个问题。