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本试验对5个甜瓜亲本即母本3-2-2、甜帅与玉脆自交系，父本TopMark、H16以及其6个杂交组合进行RAPD、SSR标记分析，并且对结果进行聚类分析，从分子水平上探讨亲本和子代产生遗传距离的原因，结合田间形态标记分析甜瓜亲本及其杂种一代的遗传关系。分别在3个试验地点进行形态学标记，结果表明：3个地点的形态学标记结果虽然有差异，但是它们总的趋势是相同的。子代更多地继承了母本的遗传特性，如具有早熟性、丰产性等。这与分子标记的结果基本相近，即标记的杂种F1代与母本的遗传距离更近，因此继承的母本性状更多。玉脆自交系在亲本中分枝能力最强，H16最差。定植到开花天数指标上玉脆与TopMark杂交组合天数最短，H16天数最长。单株果数最少的是H16，最多的是玉脆。单株果重指标上，玉脆与TopMark组合表现最高。单株果数、单株果重和单果重3指标在3个地点方差均达极显著。果实品质性状在温室及大棚中方差达极显著。亲本中一般配合力高的是TopMark自交系、玉脆自交系。特殊配合力最高的组合是玉脆×TopMark。在所有的组合中，分枝习性、单果重性状上都表现了较高的正向杂种优势。在所测定的6个杂交子代中，玉脆与TopMark杂交组配的F1在各性状上都表现出较强的杂种优势。RAPD标记的27个引物均产生了谱带，扩增有效条带总计44条，不同引物扩增条带变幅为3～8条，RAPD片断大小为400～2000bp，44条有效带中多态性条带有19条，占全部条带数的43.18％。扩增产物中条带数量少的引物是C01，只产生3条带，分别在600～920bp，最多的是AX-16，共在700～2000bp产生8条带，平均每条引物产生1.63条有效带。经过聚类分析，亲本间的遗传距离为0.09～0.41。SSR标记在筛选的23对引物中，有14条扩增出了谱带，扩增条带总计39条，不同引物扩增条带变幅为1～7条，SSR片断大小为100～900bp，39条带中具有多态性的有33条，占全部条带数的84.61％。扩增产物中条带数量少的引物是N 29，只产生1条带，最多的是CMGA172，共在125～180bp产生7条带，平均每条引物产生2.79条带。聚类分析后，亲本的遗传距离为0.14～0.73。虽然遗传距离和RAPD标记的结果有一定差异，但是聚类结果却很接近，3个母本的亲缘关系比较接近，2个父本的亲缘关系也较近。综上所述，利用分子标记和田间形态标记相结合的办法，能够很好的对甜瓜亲本和子代的遗传特性进行比较研究，为甜瓜遗传育种和亲本选配提供了很好的研究方法和手段。