抗日战争全面爆发后，国民政府迁都重庆。重庆成为全国的经济、文化、军事等领域的中心,促进了重庆公共卫生事业的发展；同时战争的影响和人口的急剧膨胀使重庆传染病问题日益严峻，这对重庆城市的公共卫生建设来说既是严峻的挑战又是发展的契机。到抗战全面爆发前，重庆市的公共卫生建设已经取得了初步的发展，卫生机构开始形成；新兴了一批近代的西医医院；公共卫生设施和管理也逐步发展。但是，重庆的公共卫生建设仍然处于起步阶段，公共卫生设施仍然缺乏，医疗条件还满足不了市民的需求。抗战的全面爆发后，国民政府迁都重庆后，许多社会机关、工厂、学校等也随之迁来重庆，大量人口的涌入给重庆的公共卫生建设带来了巨大的压力。加上大后方经济日益衰落、生活环境差、市民观念落后，同时日机频繁轰炸，使人口稠密的重庆市区伤员剧增，导致抗战期间重庆市传染病流行情况远超战前。传染病蔓延不仅会对市民的生命带来危害，同时对于社会的稳定产生不利的因素，渐而影响整个抗战的形势。面对传染病的肆虐，要求政府不断的开展公共卫生建设，做好传染病的防治工作，去解救市民的生命、维持城市的稳定。国民政府和重庆市政府也采取了一系列的措施从预防、治疗、监控三个角度着手去防治传染病、控制传染病的蔓延。重庆市防治疫病工作减小了疫病对市民健康的危害，改善了市民的身体条件，减少了瘟疫带来的损失，维持了重庆市的稳定，同时也提高了重庆市的卫生条件、改善了医院的医疗设备，促进了重庆市公共卫生建设，同时也对争取抗战胜利做出了贡献。