HIV-1整合酶是艾滋病病毒复制过程中不可缺少的一种酶，所以整合酶是一个寻找治疗HIV药物的理想靶点。在所报道的整合酶抑制剂中，β-二酮酸类化合物作为一系列抑制性较好的配体分子，现在已经有药物进入了临床研究。本文根据文献报道的7个对HIV-1整合酶的链转移反应有抑制性能的二酮酸类似物，用分子对接方法、分子动力学(MD)模拟方法研究它们的结合模式、结合强度等。论文主要包含以下几个方面的工作：　　 用分子动力学方法对两个HIV-1整合酶体系进行溶液动力学模拟，其中另一个不含金属离子，而另一个含有Mg2+，得到了整合酶的合理构型，通过对模拟轨迹的分析，阐明了Mg2+的存在对体系活性中心区域起着稳定的作用。　　 用分子对接方法研究二酮酸类似物与HIV-1整合酶的相互作用。研究发现，含Mg2+的整合酶体系比不含Mg2+的整合酶体系对接效果要好。对接性能较好的抑制剂有两种结合模式，一种是以酮-烯醇式部分为结合位点与Mg2+发生螯合作用，另一种是以羧酸或者磺内酰胺基为结合位点与Mg2+螯合。并且应用分子动力学方法对复合物进行模拟，以确定这种结合模式的合理性。　　 对的两种结合模式分别进行了模拟，发现它们的结构基本上能达到稳定状态。此外，抑制剂和Mg2+离子在与HIV-1整合酶的核心活性区域的作用中起着协同促进的抑制作用，二者的共同存在促进了体系的稳定性，并加强了对整合酶活性中心的作用能力。