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[目的]利用MLVA分子分型技术的优势对云南省家鼠鼠疫菌、野鼠鼠疫菌及玉龙鼠疫菌进行分子分型，以阐明它们之间的遗传进化关系，更加深入了解云南省鼠疫的内在联系及其对人群的危害，为制定合理的防控措施提供依据。[材料方法]1.菌株选择选择不同地点、不同年代、不同来源的云南鼠疫菌株163株进行分析，其中分离自家鼠的菌株139株（德宏州42株、临沧市32株、保山市10株、普洱市17株、红河州15株、文山州11株、西双版纳州6株、昆明市1株、玉溪市1株、广西省3株、贵州省1株）、野鼠菌株17株、玉龙菌株7株。2. VNTR位点选择选择国内外文献公布的对鼠疫菌有较强分型能力的M21、M34、YP1335、YPO0320、YPO3743、YPO2984、M29的7个位点。3. DNA的提取利用QIAGEN细菌DNA提取试剂盒进行提取制备，并将DNA浓度调整在20-100ng/ul。4.毛细管电泳实验结果用Genemapper4.0分析最后结果以Excel形式保存。5.结果分析计算多态性位点串联重复数结果整理好后用Bionumerics软件绘制聚类图和最小生成树。[结果]1.在上述7个位点中对云南省鼠疫菌株分型能力较强的有5个位点（M21、M34、YP1335、YPO320、YPO3743），其余2个位点多态性指数小于50%。2.实验中163株鼠疫菌，可以分为7个群（相似度>60%），14个簇(相同底色)，78个基因型(相似度100%)。玉龙鼠疫菌、野鼠鼠疫菌、家鼠鼠疫菌都有一个相对独立的基因群。3.2006-2008分离的7株玉龙鼠疫菌株其MLVA的基因型完全相同；所选的1982年云南家鼠鼠疫复燃以来的菌株属于一个基因群，包括8个簇67个基因型；1954年和1964年分离的2株家鼠鼠疫菌株属于独立基因群，并只有一个基因型；17株云南野鼠菌株属于另一个基因群，共有5个基因簇10个基因型。[结论]1.应用上述7个位点对云南菌株进行分子分型与云南菌株的生态型可以较好的吻合，并能提供更多的菌株内在信息。2.2006年发现的玉龙鼠疫疫源地，其菌株的基因型与云南家野鼠两型鼠疫菌株都有较大的差异，结合其菌株生化特性差异，进一步提示玉龙鼠疫疫源地是一块新型的疫源地。3.从整体看，分离自不同年代同一地点的菌株有相似的基因型，即具有一定的地点聚集性；而同一年代不同地点分离的菌株其基因型相差较远，即不具有时间聚集性。4.本研究结果显示利用MLVA对云南省鼠疫菌株分型，所构建的MLVA数据库，有望为今后新分离菌株的溯源提供研究基础。