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香合欢（Albizia odoratissia(Linn.f)Benth）为豆科（Leguminosae）含羞草亚科（Mimosaceae）合欢属（Albizia Durazz）常绿大乔木，在中国福建、广东、广西、贵州、云南、四川、海南等省（自治区）均有分布，其生长迅速，材质优良，天然更新能力强，是具有良好发展潜力的高价值造林树种。本研究以广西和海南的香合欢天然群体为材料，利用自主开发的香合欢EST-SSR分子标记，分析估算各群体的遗传多样性参数。在此基础上，对不同地理模式下香合欢的遗传多样性和遗传结构进行评价；结合天然群体子代材料对其遗传多样性动态变化趋势进行了研究，同时通过对比天然群体材料与无性系种子园建园材料，探讨遗传改良的选择过程对遗传多样性的影响。主要研究结果如下：
1.在物种水平上，用16对引物对广西和海南2个群体的10个亚群体共280份香合欢天然群体材料进行扩增，共检测出52个等位基因，平均每对引物扩增出3.25条等位基因，多态性位点比率为100%。平均有效等位基因数（Ne）为2.36，平均Shannon信息指数（I）为0.91，平均Neis基因多样性（H）为0.54。表明香合欢天然群体具有较高的遗传多样性。
2.在群体水平上，广西香合欢群体（I=0.87，He=0.51）的遗传多样性高于海南群体（I=0.73，He=0.45）。在亚群体水平上，10个香合欢天然亚群体的有效等位基因（Ne）数在1.70～2.12之间，观测杂合度（Ho）的值在0.17～0.37之间，期望杂合度（He）的值在0.38～0.49之间，说明不同亚群体间的遗传多样性水平有所差异。其中，西林县亚群体（I=0.79，He=0.49）的遗传多样性最高，三亚亚群体（I=0.61，He=0.38）的遗传多样性最低。10个亚群体的固定指数（FIT）均大于0，表明各亚群体内均存在纯合体过剩，杂合体不足的现象。且每个亚群体均偏离Hardy-Weinberg平衡，其中澄碧湖亚群体（FIT=0.50）偏离平衡最远，西林县亚群体（FIT=0.31）最接近平衡。
3.香合欢总群体16个位点的基因分化系数（FST）的变化范围在0.04～0.32之间，平均值为0.20，表明有20%的遗传变异存在于不同的香合欢亚群体之间，80%的变异发生于亚群体内。不同位点的基因流（Nm）差异较大，其范围在0.53～6.48之间，平均为1.00。广西香合欢群体的基因流（Nm=2.07）高于海南香合欢群体（Nm=1.75），而基因差异分化系数（GST=0.16）低于海南香合欢群体（GST=0.05）说明海岛地理模式会对亚群体间的基因交流产生一定的阻碍。
4.对各亚群体体间的Neis遗传距离进行分析并以此为基础进行UPGMA聚类分析，发现10个香合欢亚群体间的遗传距离在0.07～0.43之间，其中遗传距离最短的为澄碧湖亚群体和田东县亚群体，最远的为田东县亚群体和鹦哥岭亚群体。10个亚群体可被分为2大类4小类，其中来自广西澄碧湖、田东县、田林县、西林县、隆林县和乐业县6个亚群体与来自海南尖峰岭、鹦哥岭、霸王岭、三亚的4个亚群体分别聚为一类。海南群体中霸王岭和尖峰岭亚群体聚为一类，鹦哥岭和三亚亚群体聚为一类，广西群体中澄碧湖亚群体和田东县亚群体首先聚为一支，然后依次与田林县亚群体、隆林县亚群体、西林县亚群体相聚，最后与乐业县亚群体相聚。
5.对香合欢亲本和子代的遗传多样性进行比较，结果表明广西子代的遗传多样性低于亲本，海南子代的遗传多样性略高于亲本。遗传多样性动态传递结果显示，香合欢天然群体在世代间表现出遗传多样性略有下降，遗传分化有所增强的趋势。对不同种源的子代个体的分子变异和表型变异进行分析，发现其变异主要发生在个体间。
6.对乐业县50株香合欢天然更新林材料的遗传多样性和遗传结构进行研究，结果表明，乐业县香合欢亚群体具有较高的遗传多样性（I=0.79，He=0.47），不同的香合欢个体间存在较高的遗传分化。对遗传距离进行聚类分析，发现50株香合欢材料可被分成2大类，说明50株个体很有可能是两株母树的后代，表明香合欢天然群体在林地更新过程中具有较强的扩张能力。
综上可以看出，不同地理模型下香合欢天然群体的遗传多样性有所差异，总体上陆地模型下香合欢的遗传多样性高于海岛模型，而亚群体间的遗传分化低于海岛模型。天然群体在世代间表现为遗传多样性降低遗传分化增强的趋势。
1.在物种水平上，用16对引物对广西和海南2个群体的10个亚群体共280份香合欢天然群体材料进行扩增，共检测出52个等位基因，平均每对引物扩增出3.25条等位基因，多态性位点比率为100%。平均有效等位基因数（Ne）为2.36，平均Shannon信息指数（I）为0.91，平均Neis基因多样性（H）为0.54。表明香合欢天然群体具有较高的遗传多样性。
2.在群体水平上，广西香合欢群体（I=0.87，He=0.51）的遗传多样性高于海南群体（I=0.73，He=0.45）。在亚群体水平上，10个香合欢天然亚群体的有效等位基因（Ne）数在1.70～2.12之间，观测杂合度（Ho）的值在0.17～0.37之间，期望杂合度（He）的值在0.38～0.49之间，说明不同亚群体间的遗传多样性水平有所差异。其中，西林县亚群体（I=0.79，He=0.49）的遗传多样性最高，三亚亚群体（I=0.61，He=0.38）的遗传多样性最低。10个亚群体的固定指数（FIT）均大于0，表明各亚群体内均存在纯合体过剩，杂合体不足的现象。且每个亚群体均偏离Hardy-Weinberg平衡，其中澄碧湖亚群体（FIT=0.50）偏离平衡最远，西林县亚群体（FIT=0.31）最接近平衡。
3.香合欢总群体16个位点的基因分化系数（FST）的变化范围在0.04～0.32之间，平均值为0.20，表明有20%的遗传变异存在于不同的香合欢亚群体之间，80%的变异发生于亚群体内。不同位点的基因流（Nm）差异较大，其范围在0.53～6.48之间，平均为1.00。广西香合欢群体的基因流（Nm=2.07）高于海南香合欢群体（Nm=1.75），而基因差异分化系数（GST=0.16）低于海南香合欢群体（GST=0.05）说明海岛地理模式会对亚群体间的基因交流产生一定的阻碍。
4.对各亚群体体间的Neis遗传距离进行分析并以此为基础进行UPGMA聚类分析，发现10个香合欢亚群体间的遗传距离在0.07～0.43之间，其中遗传距离最短的为澄碧湖亚群体和田东县亚群体，最远的为田东县亚群体和鹦哥岭亚群体。10个亚群体可被分为2大类4小类，其中来自广西澄碧湖、田东县、田林县、西林县、隆林县和乐业县6个亚群体与来自海南尖峰岭、鹦哥岭、霸王岭、三亚的4个亚群体分别聚为一类。海南群体中霸王岭和尖峰岭亚群体聚为一类，鹦哥岭和三亚亚群体聚为一类，广西群体中澄碧湖亚群体和田东县亚群体首先聚为一支，然后依次与田林县亚群体、隆林县亚群体、西林县亚群体相聚，最后与乐业县亚群体相聚。
5.对香合欢亲本和子代的遗传多样性进行比较，结果表明广西子代的遗传多样性低于亲本，海南子代的遗传多样性略高于亲本。遗传多样性动态传递结果显示，香合欢天然群体在世代间表现出遗传多样性略有下降，遗传分化有所增强的趋势。对不同种源的子代个体的分子变异和表型变异进行分析，发现其变异主要发生在个体间。
6.对乐业县50株香合欢天然更新林材料的遗传多样性和遗传结构进行研究，结果表明，乐业县香合欢亚群体具有较高的遗传多样性（I=0.79，He=0.47），不同的香合欢个体间存在较高的遗传分化。对遗传距离进行聚类分析，发现50株香合欢材料可被分成2大类，说明50株个体很有可能是两株母树的后代，表明香合欢天然群体在林地更新过程中具有较强的扩张能力。
综上可以看出，不同地理模型下香合欢天然群体的遗传多样性有所差异，总体上陆地模型下香合欢的遗传多样性高于海岛模型，而亚群体间的遗传分化低于海岛模型。天然群体在世代间表现为遗传多样性降低遗传分化增强的趋势。